全外顯子定序
Whole Exome Sequencing (WES)
僅針對人類基因體外顯子 (Exon) 定序。人類基因體只有不到 2% 的基因體屬外顯子,外顯子變異與約 85% 的罕見遺傳疾病有關聯。利用全外顯子定序找出關鍵性變異,相比於全基因體定序,較為經濟且更有意義。
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服務流程
項目週期:樣品通過檢測後,30 個工作天(含分析)。
Exome Capture:
Agilent SureSelect Human All Exon V6
Twist Exome 2.0 Plus
IDT xGen™ Exome Research Panel
Exome Capture:
Agilent SureSelect Human All Exon V6
Twist Exome 2.0 Plus
IDT xGen™ Exome Research Panel

分析流程
生物資訊分析流程主要分為兩部分,除了進行基本分析的基因體變異辨認(variant calling,藍色區塊),還可根據辨認的變異進行深入的進階分析 (橘色區塊,欲進行進階分析請於送件之前洽詢)。
癌症組織樣品定序可進行 Somatic 分析流程。
*註:SV與intronic variant annotation 只限於 WGS 分析。
癌症組織樣品定序可進行 Somatic 分析流程。

*註:SV與intronic variant annotation 只限於 WGS 分析。
樣品需求
DNA總量:
一般樣品: ≧ 1.0 μg
石蠟包埋樣品(FFPE sample): ≧ 1.6 μg
DNA 濃度:
≧ 50 ng/ μl (樣品濃度定量Qubit®測定為主)
樣品體積:
≧ 20 μl
樣品純度:
OD260/OD280 = 1.8-2.0
DNA無降解且無汙染
建議先行以電泳膠圖確認片段大小及DNA完整度,並於送件時提供膠圖結果
(A) DNA Marker, (B) 合格樣品 (C) 降解樣品 (D) RNA汙染樣品 (E) 蛋白質殘留汙染樣品 (以紅框標記汙染處)
一般樣品: ≧ 1.0 μg
石蠟包埋樣品(FFPE sample): ≧ 1.6 μg
DNA 濃度:
≧ 50 ng/ μl (樣品濃度定量Qubit®測定為主)
樣品體積:
≧ 20 μl
樣品純度:
OD260/OD280 = 1.8-2.0
DNA無降解且無汙染
建議先行以電泳膠圖確認片段大小及DNA完整度,並於送件時提供膠圖結果
(A) DNA Marker, (B) 合格樣品 (C) 降解樣品 (D) RNA汙染樣品 (E) 蛋白質殘留汙染樣品 (以紅框標記汙染處)

定序規格
Novaseq 6000, paired-end 150 bp
採樣建議
l 血液:
- 新鮮/冷凍保存全血:1 mL,建議使用 3 or 5mL紫頭管,冷藏盡速送樣。
- Buffy coat :0.2 mL,-80度保存及運送。
l 組織:
- 新鮮或冷凍組織檢體:100-200 mg (米粒大小),以液態氮速凍,-80度保存及運送。。
l 細胞:
- 細胞樣本:1x10^6~1x10^7 cells,-80度保存及運送。
其他注意事項
- 全血樣品避免使用玻璃材質且需加入EDTA抗凝劑,避免反覆凍融或放置時間過長,低溫運送。
- 組織採集後立即用預冷的0.9%生理鹽水進行潤洗,並剔除非研究組織,將樣本分割成50 mg左右的小塊,立即以液態氮快速冷凍,保存管使用parafilm封口,-80℃ 保存。
- 細胞樣本準備:加細胞冷凍保存液(血清+10%DMSO),以液態氮慢凍/收集得到細胞沉澱,液態氮快速冷凍。
- 寄送時將樣本管放入更大的管或者夾鏈袋中,防止樣本運輸過程中被破壞,並用大體積乾冰運輸,保證圖爾思驗收時有足夠乾冰剩餘。
雲平台-線上分析工具
圖爾思雲平台功能介紹:
▶檔案大小不是問題
只要有網路和瀏覽器,就能輕鬆上傳檔案至雲平台。
▶註解欄位方便查詢
報告包含上百個欄位,雲平台可以快速閱覽欄位意義。
▶Variant篩選更便利
不必擔心檔案打不開,提供多種篩選方式,包含註釋、基因頻度、目標基因、位置區間...。
▶線上操作IGV
不需下載軟體,直接在雲平台操作,可直接觀看基因資訊 (eg. gene name, exon number, location…等)。
WES/WGS雲平台介紹
圖爾思雲平台入口
直播影片:WES/WGS的應用
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