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2022．12
BIOTOOLS檔案_ 不怕外源基因躲貓貓，ONT WGS通通幫你揪出來!
圖爾思分析，給你的 比你想的多更多
原創文章 引用請註明出處
▌案件大綱
- 品項: 動物基因體定序
- 定序平台: Oxford Nanopore Technologies-PromethION
- 樣品物種/類型: 魚類/組織
- 欲解決案件難題: 案主有一基因轉殖斑馬魚，雖已知轉殖基因序列但不知道該序列插入的基因體位置，所以無法進行後續實驗驗證， 需要選擇合適的定序平台且進行客製化的分析以確認該段基因位置。
- 解方: 由於該轉殖基因片段大小為 700 bp，因此圖爾思推薦使用三代定序平台 PromethION 進行全基因體定序以跨越該基因全長。分析方面，在確認該段序列為外源基因後，由生物資訊團隊進行可行性評估與客製化分析策略制定。
- 分析結果同時使用不同工具進行多方驗證，全面性地找出該基因於基因體上的多個插入位置，並 一對一進行客製化結果講解與簡報解釋，案主對於圖爾思分析的結果給予高度的評價。
▌案件詳述
在基因轉殖實驗中，常常會將轉殖的基因片段插入目標基因體中，但要怎麼知道我們的轉殖基因有轉殖成功? 插入的位置在基因體的哪裡? 是否有多個插入位點? 是否影響其他基因表現? 後續要怎麼驗證?
這些問題的答案都可以在全基因體定序中找到解答!
本篇要分享的案件是基因轉殖的斑馬魚，案主只知道該轉殖的基因為 700 bp 的一段序列，希望能確認該序列在基因體上切確的位置以進行後續實驗驗證。
由於該段序列的物種來源會影響在後續分析查找的可行性，因此圖爾思先將案主提供的插入序列於 NCBI進行參考基因體序列比對，確認該序列屬於外源序列，在斑馬魚基因體上並無相似序列，而後進行定序平台規格與分析策略的評估與討論。在定序平台上，推薦使用三代定序平台 PromethION 進行全基因體定序以跨越該基因全長，在取得良好定序數據後就開始了客製化分析的重頭戲。
在分析流程中首先過濾了可信度較低的序列，將目標序列進行組裝且校正發現該段外源基因序列在整個基因體共出現了 4 次，為了找出 4 段外源基因位置，因此將目標序列與參考基因體進行比對而獲得了4 段外源基因在不同染色體上的切確位置與前後序列。
此外，因轉殖的外源片段也屬於插入結構變異，為驗證 4 段外源基因序列位置，生資團隊額外進行了結構變異的分析流程，分析結果顯示的確有發現 INS 且位置與前述目標序列比對至參考基因體的位置一致。
最後，根據客製化分析結果整理成簡報進行分析流程邏輯說明與檔案結構講解，本篇的案主獲得了相當滿意的結果~聽完報告聲線都飛揚了許多呢
你也有已知的序列片段想要在茫茫的基因體中找尋嗎?
讓圖爾思團隊幫你終結這場躲貓貓吧!
若你有遇到相同的問題，歡迎與我們聯繫。
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