如何進行核酸(DNA/RNA)的品質控制

DNA或是RNA的樣品製備幾乎是所有生物技術最上游的技術之一，大家都知道上游會影響下游實驗的品質與數據的可信度和重複性，但是往往大家專注的重點都在下游技術而忽略了最上游樣品製備的品質，舉例來說：對於NGS實驗而言，若DNA樣品的品質不合格最直接影響的就是產出的數據量不足或是導致數據豐度不夠而不能呈現最真實的細胞狀況 ; 對於qPCR實驗來說，若RNA樣品的品質不合格則會直接影響qPCR的Ct或是Cq值的關連性，而所得到的數據一樣不可信。在這篇文章中會和大家分享進行DNA/RNA品質控制的方法：
 

• NanoDrop：

不論是DNA或是RNA都是由核醣、磷酸基團以及鹼基所構成。由於鹼基具有被紫外光(260nm)吸收的特性，因此質控上我們可以利用此特性來計算DNA或是RNA的濃度。而依據A260/A280和A260/A230的比值則可以用來判定DNA或是RNA的純度。在過去分光光度儀檢測的步驟與操作比較繁瑣，但自從NanoDrop儀器問世後，我們就可以用很簡單的操作方式與很短的時間即可對DNA或是RNA進行質控，因此我們建議樣品製備完後一定要至少使用此類型的儀器先進行質控。
 

• Qubit：

Qubit是一種基於瑩光染劑能非特異性和dsDNA結合來進行對DNA檢測的一種儀器，目前來說，DNA樣品製備後的質控也常使用這類型的儀器來分析，特別是進行dsDNA的定量。
 

• 核酸電泳：

雖然上述兩個儀器的使用非常便利，但我們建議在DNA或是RNA樣品製備完後仍需要搭配核酸電泳進行質控，因為核酸電泳能依照bands的分布與呈現直接判斷DNA或是RNA的品質。
 

• 小片段PCR產物的比值：

樣品的核酸通常會隨著時間而慢慢的分解形成小片段，這個時候我們可以透過存在於genomic DNA的Alu序列的PCR產物或是不同qPCR產物的濃度比值(例如：Alu247/Alu115比值、Q Score等)來判斷DNA的完整性。

樣品的DIN值(DNA Integrity Number)：DIN值是一種DNA通過Agilent2100檢測並經過軟體計算所得到的數值，主要是用來評估DNA的完整性。

 

以上，是幾個主要用來進行DNA或是RNA品質判定的方法，下方的表格為這幾種方法的總整理，希望能幫助大家在進行樣品製備質控作為一個參考。

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