如何利用蛋白質體學(proteomics)進行蛋白質身份鑑定

    蛋白質體學(proteomics)指的是對蛋白質結構與功能大規模研究的一門研究領域。基因體是相當穩定的實體，但是蛋白質卻有可能經過細胞的修飾作用或是其與基因體的交互作用而有更多樣式的變化與功能性的演變造就了蛋白質的研究比基因體困難與複雜許多，因此在後基因體時代、儀器進步快速與資料庫日漸齊全的天時地利人和下，蛋白質體學(proteomics)已經是一門研究爆發與進展快速的領域。

    圖爾思先為大家介紹蛋白質體學(proteomics)中最基本但卻是最重要的蛋白質身份鑑定(protein ID)技術。在蛋白質體學(proteomics)中蛋白質的身份鑑定(protein ID)是使用LC-MS/MS來進行，這種技術的目的為在同一個樣品一次分析中盡可能的分析出存在樣品中全部的蛋白質與胜肽(peptide)，這種技術的原理首先是將純化後的蛋白質用水解酵素(例如：trypsin)將蛋白質隨機切割為胜肽(peptide)片段，去除鹽類後首先先打入 liquid chromatography進行初步的分離降低樣品的複雜程度，接著將分離後的混合物再打入MALDI(ESI)使這些胜肽(peptide)形成分散的離子，這些離子接著再進入TOF飛行，最後質譜儀就可以藉著這些胜肽片段的質荷比(M/Z )與數據庫進行分析比對而大規模的得到樣品中幾乎所有蛋白質的身份。目前我們常用的數據庫有：NCBI-nr、Uniprot、Mascot、Proteinpilot。這種技術的優點為：一次可鑑定約6000多種蛋白質、鑑定結果精準(質譜的精準度可達1ppm以下，分辨率可達4x104)、對於樣品物種幾乎沒有要求(重點在於是否有這些物種的資料庫可供比對)、價格相對實惠、可以大規模的鑑定、節省時間等...，因此利用LC-MS/MS來進行大規模蛋白質身份鑑定(protein ID)已經是一個主流了。因此若您的研究有蛋白質身份鑑定(protein ID)的需要，請千萬考慮使用此技術來進行，才能符合經濟節約省時的概念。
 
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