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原創文章 引用請註明出處 微生物分析時對於物種分佈情況的檢視,通常都會根據物種注釋結果,選取每個樣品或分組在各階層(Phylum、Class、Order、family、Genus)中相對豐度排名前幾名的物種(例如Top 10),由這些各分組中平均相對較高豐度的物種繪製柱狀圖,以便直觀查看各樣品在不同分類階層中相對豐度較高的物...
原創文章 引用請註明出處 人類腸道菌中,比例最高的兩種菌門為厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes),兩者比例可達全體腸道菌80%以上。許多學者普遍認為厚壁菌門是一群善於消化並促進吸收脂肪的細菌,牠們的大量存在使得宿主容易肥胖。小編聽說過壓力大時BMI容易爆增的理論,這也是跟腸道菌有關係喔!當...
原創文章 引用請註明出處 在微生物分析中,如何以視覺化呈現注釋資訊是一個重要的工作。通常在獲得OTU表及物種注釋資訊後,便需要將表格化資訊藉由視覺處理以利科研人員閱讀。目前最常見的方式如採用『物種階層累積柱狀圖』、『互動式Krona展示』、『進化樹展示』等,今天小編就先從物種階層累積柱狀圖介紹起,...
原創文章 引用請註明出處 從事生物研究的人都知道,經過一段戰戰兢兢的實驗設計和操作過程之後,最重要的下一步就是把實驗結果視覺化。無論是實驗室咪聽還是研討會報告,甚至是投稿期刊,把研究成果清楚地呈現給大眾是很重要的。小編今天要介紹的是相對少見但很有意思的分析圖,叫做「三元相圖」。顧名思義,三元...
小編將為各位帶來10x Genomics的系列報導,首先是全新升級的Chromium平台,目前究竟有哪些成功的應用呢? 2015年2月,10x Genomics公司推出GemCode平台,以超長片段卻能保有極高正確率而引起廣泛關注,而2016年2月全新升級的Chromium平台在多種應用中的表現更為優異。就DNA而言,該平台可與Illumina 次世代定序系統無縫接...
原創文章 引用請註明出處 今天小編來分享一下微生物分析中常用的Beta Diversity,其中有幾款視覺化樣本分組比較分析最為常見,我們就來一一介紹吧! PCA分析 主成分分析(PCA, Principal Component Analysis),是一種應用方差分解,對多維數據進行降維,同時保持數據集中雙方差貢獻最大的特徵,從而有效地找出...
eGWAS (Expression/ Expression-based genome-wide association study)顧名思義是基於表現量的全基因體關聯分析,常用於基因表現量與遺傳突變、基因表現量與性狀以及遺傳突變與性狀的關聯分析。 SNP突變在生物體內普遍發生,很多複雜疾病、癌症、農藝性狀等都與SNP突變密切相關,但是大部分SNP並不會引起轉錄本 (transcript...
10x Genomics 定序技術平台發表至今,以迅雷不及掩耳之勢強勢進軍定序領域,基於獨特的GemCode平台及linked-read定序使其可獲得極長片段遺傳資訊,從而進行染色體結構變異及單倍型 (Haplotype)檢測。 自2016年發表的對生殖系統和癌症基因體進行單倍型分析和結構變異檢測[1],探索罕見基因剔除對人類健康和族群的影響[2],...
原創文章 引用請註明出處 研究細胞生理途徑(cellular pathways)的人有福了!無論是研究癌症相關途徑、細胞層次免疫反應,或是特定代謝途徑,隨著次世代定序技術的進步,以往耗時耗財的細胞途徑研究將有突破性的發展。在2016年陸續有頂級期刊發表Perturb-seq的運用,以單一基因和單一細胞的解析度,將複雜的細胞調...
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