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就在2020年6月初，益生菌公司Pendulum Therapeutics，推出了第一款通過臨床試驗，適用於糖尿病患者的益生菌產品，可降低血糖和糖化血紅素(A1c or HbA1c)。看到這你可能會想，這又跟代謝體有什麼關係呢？益生菌又是怎麼調控人體血糖？ 想了解為什麼，首先，先了解糖尿病這個疾病吧！ 糖尿病的成因 糖尿病可分為第一型(...
原創文章 引用請註明出處 PubMed 資料庫越來越龐大，之前小編有一篇文章教大家在茫茫文獻大海中，如何正確找到自己需要的內容（PubReMiner 分析 PubMed 檢索資料）。而從事研究的過程中，如何掌握相關領域的進展是一件相當重要的事，又或者是掌握競爭實驗室的發表動態更是至關重大（深怕做得比人慢卻又不...
原創文章 引用請註明出處 PHATE分析計算流程 單細胞資料分析當中，最關鍵的步驟可以說是細胞聚類的結果；而細胞聚類牽涉到許多數學模型的設計，不論是高維資料轉換（降維）、去除雜訊（denoising）以萃取核心訊息等，都會影響到最後細胞分群結果，也因此不斷有方法推陳出新以求真實呈現細胞的聚類分佈。細...
原創文章 引用請註明出處 [新知分享] 10x Genomics 單細胞定序平台在COVID-19研究上的相關應用 自從2019年底爆發新冠肺炎病毒COVID-19全球的大流行之後，有非常多的專家學者與研究團隊紛紛投入疫苗的研製、藥物的製造與快篩試劑的研發。除此之外，也越來越多的學者將10x Genomics的單細胞定序的平台應用在這...
原創文章 引用請註明出處 上一篇文章介紹了細胞標記可參考的資料庫，這邊小編要來詳細介紹SingleR[1] --- 自動化標記細胞的套件。SingleR內建參考資料數據，包含細胞對應的基因表現量表、每一顆細胞的 cell type 註解（一個 cell type 可能有多個重複）。注意，小編這裡介紹的是舊版本(v1.0.1)，新版本已整...
你知道腸道微生物是怎麼影響宿主的嗎？ 腸道微生物在近幾年來，許多研究都提出腸道微生物其實干預了宿主的健康甚至是調控宿主基因表現。目前的研究大多觀察到某些疾病與某些微生物有關，但確切是怎麼影響的、藉由什麼影響都還有待確認。 微生物代謝物就是其中一個值得探討的議題，在好幾年前的研究就已知腸道內的短鏈脂...
原創文章 引用請註明出處 細胞類型標記（細胞註釋）一直都是單細胞分析當中很重要的一環。對於樣本熟悉且經驗豐富的研究人員，也許可以透過細胞相關的 marker genes，加上該細胞的註釋，進而研究新的細胞亞群；這時候，有一個整理完善的 cell marker database 就很重要了。 小編以下整理幾個資料庫供大家參考：...
原創文章 引用請註明出處 先前小編跟大家介紹了一些單細胞文章，有些人可能會有疑問：那麼現今單細胞研究的發展趨勢為何呢？除了 NCBI pubmed 搜索單細胞研究文章外，還有哪裡可以搜尋相關文獻呢？有什麼資料庫可以參考？我明白10x Genomics有自己的文獻資料庫（選單 > Resources > Publications），...
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