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原創文章 引用請註明出處 在微生物體功能預測研究上，少不了與時俱進的分析工具帶來的助益。除了先前介紹的PICRUSt2 功能預測分析，另外以R語言開發的基因功能預測套件 Tax4Fun 菌群功能預測 於 2018也釋出全新升級的 Tax4Fun2[1]。相較於原Tax4Fun增加不少優點，主要為 (一) 不再限制使用SILVA物種資料庫作為...
原創文章 引用請註明出處 RNA的品質在後續的應用上扮演著決定性的角色，一般來說用來評斷RNA品質的好壞除了常聽到的260/280、260/230 ratio外，利用RNA integrity number (RIN)值來判斷RNA片段的完整性是另一個評定RNA品質較為重要的指標。但RNA相對來講較不穩定，也容易受到很多因素的影響而發生降解。 因此...
【RNAseq小學堂】基因表現量方法比拼 RNA-seq vs. Microarray 不知道你有沒有做過北方墨點法 (Northern blot) 的實驗呢？在將電泳結果轉移到尼龍膜上時，堆疊濾紙片是否小心翼翼排除氣泡？或是擔心擦手紙堆被撞倒？在使用Ｘ光底片偵測序號時，是否反覆測試曝光時間？漫長的實驗卻只能分析單一基因的表現量。又或著，你是...
大腸桿菌表達系統是目前最常見用來表達重組蛋白的宿主，具有基因完全解序、不同表現株系統可供選擇、繁殖速度快、培養容易、可大量生產目標蛋白與生產成本低等優點，深受科研與工業用戶喜愛。 但大腸桿菌表達系統卻也因為高度表達的特性，可能會在培養過程中以較高的溫度培養、較高濃度的誘導劑或使用強力的啟動子系統(St...
【三代定序 新知分享】我全都要 !! PacBio HiFi reads讓你好貪心也沒關係 小編相信大家都生活在這個社會這~麼久了，一定有學習到這樣一個亙古不變的經驗: 如果想要省時間，一定就會耗費比較多的能量; 如果想要用比較少的能量來完成一件事，時間就一定會拉得很長。 即使今天找到了一個又省時間又省能量的方法，卻一定不...
【圖爾思雲平台-RNAseq】 解救你我 RNAseq 數據分析的難題! 我說，這個分析結果.... 在揮霍汗水收集樣本、萃取RNA之後，順利的把樣本交給廠商上機與分析，滿心期待拿到結果後，是否發生了以下的狀況呢? (1) 面對大量的數據，無從看起 (2) 資料解讀不如預期 (3) 想調整分組或篩選條件，廠商說再等1週，反覆溝通超...
(附圖)技術新知_1 2007年5月31日，綠色和平組織在《聖經》中記載「諾亞方舟」停靠的亞拉臘山上，打造了一座諾亞方舟模型，呼籲世人若不愛惜大自然，將導致洪水、乾旱等天災的反撲。 我們的星球正在經歷第六次大規模滅絕事件，這是自6,600萬年前恐龍滅絕以來最嚴重的一次。絕大部分是由於人類對污染、棲息地的破壞和氣候變...
台灣是生物多樣性非常豐富的地方。以感染科醫師觀點，在這樣的環境下，確實容易產生新的致病原。這次的疫情當中，也使得全民更關注感染症的議題。為了幫助臨床醫師能更快速的找到致病原因，「次世代定序病原檢測」在近年越來越被重視。台中榮民總醫院於今年與亞洲準譯合作，在台灣中部建置高通量基因定序負壓實驗室，讓台...
原創文章 引用請註明出處 先前的部落格中有提到三代定序中的多項應用，包含全長16S核醣體RNA定序、基因結構變異偵測、Iso-seq轉錄體的定序、單菌基因體組裝、Cas9技術等運用。今天主要來說說三代定序技術在精神疾病相關上的發展。主要內容會做一些文獻分享包含重複序列偵測的好工具NanoSatellite、藥物代謝相關...
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