動植物全基因體定序 Animal/Plant Genome Sequencing
結合Nanopore三代定序平台高準確率以及長片段定序的讀長優勢，既能準確檢測SNP/indel，更能正確分析大規模的基因結構變異 (SV/CNV)及 Allele Phasing，為全基因體研究(WGS)領域帶來全新視野
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服務流程
項目週期：樣品通過檢測後，40 個工作天。
樣品需求
1. DNA總量:
1. Nanopore平台定序：
High Molecular Weight Genomic DNA, HMW DNA ≧ 10 ug
2. DNA 濃度: ≧ 100 ng/ ul (Qubit®測定)
樣品體積: ≧ 50 ul
※濃度及體積為個別的建議最低要求，總量仍需達到 10 ug
※如有純化或片段篩選需求: 建議總量 ≧ 25 ug
2. 樣品純度及片段大小：
OD260/OD280 = 1.8-2.0
OD260/OD230 = 2.0-2.2
要求主要DNA片段 ≧ 20 kb，無降解且無汙染
建議主要DNA片段 ≧ 40 kb，以取得更佳的定序品質
建議先行以0.6%-0.8 % Agarose Gel 電泳膠圖確認片段大小及DNA完整度，並於送件時提供膠圖結果，若樣品純度或片段大小分佈不符合要求，片段純化需額外收費
1. Nanopore平台定序：
High Molecular Weight Genomic DNA, HMW DNA ≧ 10 ug
2. DNA 濃度: ≧ 100 ng/ ul (Qubit®測定)
樣品體積: ≧ 50 ul
※濃度及體積為個別的建議最低要求，總量仍需達到 10 ug
※如有純化或片段篩選需求: 建議總量 ≧ 25 ug
2. 樣品純度及片段大小：
OD260/OD280 = 1.8-2.0
OD260/OD230 = 2.0-2.2
要求主要DNA片段 ≧ 20 kb，無降解且無汙染
建議主要DNA片段 ≧ 40 kb，以取得更佳的定序品質
建議先行以0.6%-0.8 % Agarose Gel 電泳膠圖確認片段大小及DNA完整度，並於送件時提供膠圖結果，若樣品純度或片段大小分佈不符合要求，片段純化需額外收費
定序規格
三代長片段定序：Nanopore PromethION
Courtesy of Oxford Nanopore Technologies
Courtesy of Oxford Nanopore Technologies
採樣建議
l 植物樣本:
1. 新鮮組織或者幼苗/嫩葉： 1 g (建議3-5 g)，萃取DNA後-80度保存及運送。
2. 成熟部位像是根、莖、種子等建議2倍送樣量，萃取DNA後-80度保存及運送。
3. 單細胞藻類：1 g (建議3-5 g)，萃取DNA後-80度保存及運送。
4. 大型藻類：3 g 以上，萃取DNA後-80度保存及運送。
l 動物樣本:
1. 新鮮組織：1 g (建議3-5 g)，萃取DNA後-80度保存及運送。
其他注意事項
1. 植物樣本建議優先選擇核酸含量相對較高的組織，其中以幼嫩的組織最佳，如幼葉，幼芽。
2. 動物組織樣本優先順序：腎臟>心臟>肝臟>肌肉等（不推薦動物性腺、腦組織等代謝速率快的組織）。
3. 組織採集後立即用預冷的0.9%生理鹽水進行潤洗，並剔除非研究組織，將樣本分割成50 mg左右的小塊，立即以液態氮快速冷凍，保存管使用parafilm封口，-80℃保存。
4. 樣本運送注意事項：寄送時將樣本管放入更大的管或者夾鏈袋中，防止樣本運輸過程中被破壞，並用大體積乾冰運輸，保證圖爾思驗收時有足夠乾冰剩餘。
1. 新鮮組織或者幼苗/嫩葉： 1 g (建議3-5 g)，萃取DNA後-80度保存及運送。
2. 成熟部位像是根、莖、種子等建議2倍送樣量，萃取DNA後-80度保存及運送。
3. 單細胞藻類：1 g (建議3-5 g)，萃取DNA後-80度保存及運送。
4. 大型藻類：3 g 以上，萃取DNA後-80度保存及運送。
l 動物樣本:
1. 新鮮組織：1 g (建議3-5 g)，萃取DNA後-80度保存及運送。
其他注意事項
1. 植物樣本建議優先選擇核酸含量相對較高的組織，其中以幼嫩的組織最佳，如幼葉，幼芽。
2. 動物組織樣本優先順序：腎臟>心臟>肝臟>肌肉等（不推薦動物性腺、腦組織等代謝速率快的組織）。
3. 組織採集後立即用預冷的0.9%生理鹽水進行潤洗，並剔除非研究組織，將樣本分割成50 mg左右的小塊，立即以液態氮快速冷凍，保存管使用parafilm封口，-80℃保存。
4. 樣本運送注意事項：寄送時將樣本管放入更大的管或者夾鏈袋中，防止樣本運輸過程中被破壞，並用大體積乾冰運輸，保證圖爾思驗收時有足夠乾冰剩餘。
