細菌基因體定序 Bacterial Genome Sequencing (Assembly)
分離出單菌後，藉由長片段及組裝，可以有效提升基因體組裝效率及序列完整度，藉由Nanopore三代定序技術輕鬆跨越以往短片段定序難以解析的複雜區域，獲知細菌全基因體的序列資訊，能夠探究細菌基因體組成結構及基因功能
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分析流程
從三代定序平台取得長片段序列以 Fyle 做初階組裝，初階 contigs 會接著使用 racon 自我序列校正，medaka 依機器學習模型再次校正序列，依機器學習模型再次校正序列，最後利用 homopolish 與資料庫內相近物種的序列做最後的序列校正，完成後就可以執行後續分析。若有來自二代定序平台的短序列片段，則接續在racon 自我序列校正後，使用 BWA 映射短片段至 contigs 上，緊接著使用 pilon 以第二代定序平台序列再次校正 contigs。
完成組裝及序列鹼基校正的contigs，以 QUAST 與 BUSCO 統計組裝結果判斷成效，接著使用 prokka 預測序列上基因的位置，包括 ncRNA 的位置，預測基因再比對六大基因注釋資料庫（COG、CARD、eggNOG、VFDB、KEGG、PHI-base），加以注釋基因功能等資訊。
其他基因體常見的特性，像是repeat、prophage、GIs及CRISPR-Cas，分別採用 RepeatMasker、ProphET、Alien hunter 及CRISPRCasFinder 等軟體來預測。
完成組裝及序列鹼基校正的contigs，以 QUAST 與 BUSCO 統計組裝結果判斷成效，接著使用 prokka 預測序列上基因的位置，包括 ncRNA 的位置，預測基因再比對六大基因注釋資料庫（COG、CARD、eggNOG、VFDB、KEGG、PHI-base），加以注釋基因功能等資訊。
其他基因體常見的特性，像是repeat、prophage、GIs及CRISPR-Cas，分別採用 RepeatMasker、ProphET、Alien hunter 及CRISPRCasFinder 等軟體來預測。
服務流程
項目週期：樣品通過檢測後，40 個工作天。
樣品需求
1. DNA總量:
1. Nanopore平台定序：
2. High Molecular Weight Genomic DNA, HMW DNA ≧ 10 ug
3. DNA 濃度: ≧ 100 ng/ ul (Qubit®測定)
樣品體積: ≧ 50 ul
※濃度及體積為分別的建議最低要求，總量仍需達到 10 ug
※如有純化或片段篩選需求: 建議總量 ≧ 25 ug
2. 樣品純度及片段大小：
OD260/OD280 = 1.8-2.0
OD260/OD230 = 2.0-2.2
要求主要DNA片段 ≧ 10 kb，無降解且無汙染
建議主要DNA片段 ≧ 20 kb，以取得更佳的定序品質
建議先行以0.6%-0.8 % Agarose Gel 電泳膠圖確認片段大小及DNA完整度，並於送件時提供膠圖結果，若樣品純度或片段大小分佈不符合要求，片段純化需額外收費
1. Nanopore平台定序：
2. High Molecular Weight Genomic DNA, HMW DNA ≧ 10 ug
3. DNA 濃度: ≧ 100 ng/ ul (Qubit®測定)
樣品體積: ≧ 50 ul
※濃度及體積為分別的建議最低要求，總量仍需達到 10 ug
※如有純化或片段篩選需求: 建議總量 ≧ 25 ug
2. 樣品純度及片段大小：
OD260/OD280 = 1.8-2.0
OD260/OD230 = 2.0-2.2
要求主要DNA片段 ≧ 10 kb，無降解且無汙染
建議主要DNA片段 ≧ 20 kb，以取得更佳的定序品質
建議先行以0.6%-0.8 % Agarose Gel 電泳膠圖確認片段大小及DNA完整度，並於送件時提供膠圖結果，若樣品純度或片段大小分佈不符合要求，片段純化需額外收費
定序規格
主要序列組裝，三代長片段定序：Nanopore PromethION
序列鹼基校正，二代短片段定序：Novaseq 6000, paired-end 150 bp (Optional)
Courtesy of Oxford Nanopore Technologies
序列鹼基校正，二代短片段定序：Novaseq 6000, paired-end 150 bp (Optional)
Courtesy of Oxford Nanopore Technologies
採樣建議
l 細菌樣本:
1. 細菌樣本： 菌體 > 3*10^8 cells 或 500mg，-80度保存及運送。
l 真菌樣本:
1. 真菌樣本：菌體 ≥ 3g，萃取DNA後-80度保存及運送。
其他注意事項
1. 細菌樣本不建議送固體培養皿的菌，如是只有固體培養基才能活，可以刮到有PB 緩衝液的離心管裡，離心，送沉澱1g 以上
1. 細菌樣本： 菌體 > 3*10^8 cells 或 500mg，-80度保存及運送。
l 真菌樣本:
1. 真菌樣本：菌體 ≥ 3g，萃取DNA後-80度保存及運送。
其他注意事項
1. 細菌樣本不建議送固體培養皿的菌，如是只有固體培養基才能活，可以刮到有PB 緩衝液的離心管裡，離心，送沉澱1g 以上
