全長RNA轉錄本定序 (Iso-Seq)
服務流程
樣品需求
1. RNA總量:
1. PacBio平台定序: ≧ 6 ug (Total RNA)
2. RNA 濃度: ≧ 300 ng/ ul
樣品體積: ≧ 20 ul
OD260/OD280 ≥ 1.9
OD260/OD230 = 2.0-2.2
RIN > 8
樣品無降解且無雜質汙染
定序規格
Courtesy of PacBio of California, Inc.
送樣建議
樣品建議:
血液
1. 全血5 mL (建議10 mL),建議冷藏盡速送樣
2. Buffy coat 0.5 mL (建議3-5 mL),-80度保存及運送
組織
1. 新鮮檢體1 g (建議3-5 g),-80度保存及運送
植物
1. 新鮮組織或者幼苗/嫩葉 1 g (建議3-5 g),萃取DNA後-80度保存及運送。
2. 成熟部位像是根、莖、種子等建議2倍送樣量,萃取DNA後-80度保存及運送。
3. 單細胞藻類1 g (建議3-5 g),萃取DNA後-80度保存及運送。
4. 大型藻類則建議 3 g 以上,萃取DNA後-80度保存及運送。
動物 (人/鼠胸腺、脾臟、胰臟、及FFPE除外)
1. 新鮮組織1 g (建議3-5 g),-80度保存及運送
細胞
1. 1x106-1x107 細胞,-80度保存及運送
其他注意事項
1. RNA定序樣品在品質上要求較高,尤其要利用三代定序直接看全長轉錄本的優勢,樣品建議RIN > 8 無降解且無雜質汙染
2. 使用全血樣品需加入EDTA抗凝劑,避免反覆凍融或放置時間過長
3. 全血樣品可加入Trizol
4. 植物組織像是多醣多酚類植物如中藥材等,或是潮濕環境樣品容易有汙染需特別留意
5. 脊椎/節肢動物等樣品建議採用新鮮動物組織 1 g以上,若為核酸較少部位像是脂肪、皮膚、骨頭等則視情況增加送樣量
6. 動物組織需於低溫操作進行,盡可能在3-5分鐘內完成樣品的採集及處理,取樣已滅菌器械剪碎至米粒大小至入冷凍小管,液態氮速凍
7. 動物組織取樣避免壞死、發炎組織
8. 建議不要使用胰蛋白酶切下細胞,胰蛋白酶可能會破壞細胞膜上的膜蛋白導致細胞破裂,流出的核酸酶可能會使得RNA降解
9. 細胞收下後以PBS潤洗,低速離心收集pellet,可置放於Trizol混和均勻
10. 細胞發炎或凋亡狀態會影響RNA品質,萃取容易有RNA降解情形發生