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【三代定序 新知分享】真菌定序平台比較 細菌定序常見區域為核糖體RNA的16S，真菌定序也有其特定常用區域，通常為核糖體RNA的18S、28S、轉錄間隔區 (Internal Transcribed Spacer, ITS)。ITS區域長度為500-700 bp，可分為ITS1跟ITS2區域，不同真菌之間ITS2長度上的差異較小、有較多通用的primer位點，使用ITS2做為真菌...
原創文章 引用請註明出處 #RNAseq #QC #雲平台 #3小學堂 || 3分鐘速解RNAseq分析，本周介紹樣本間相關性分析 || 有無生物性重複在分析呈現上，除了 DEG分析 用的方法不同之外，還有什麼不同的地方呢? || 生物性重複做的越好，對實驗的穩定性和可靠程度是大大的加分 || 具有生物性重複的實驗樣...
原創文章 引用請註明出處 隨著定序成本的降低，高通量DNA定序技術在臨床檢測與基礎生醫研究中已被視為常用方法，其用途包含但不限於個體或族群間的變異偵測、基因體物種等級的鑑定，辨識混合物中的物種多樣性等[1,2]。DNA定序可能會因各種因素影響上機結果，包含樣品收集、建庫的準備、定序機型及試劑，以及後續...
原創文章 引用請註明出處 #RNAseq #QC #3小學堂 || 3分鐘速解RNAseq分析，本周介紹RNAseq序列品質控管 || 相信大家都聽過 Garbage in, garbage out 這句話，要有好的分析報告首要就是要有好的數據，那在 RNAseq 分析之前會做那些分析確認序列品質，就讓小編來一一介紹囉~！ || 不要盡信 Fastqc 結果！要...
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一般生物體在基因表現過程中會經過一連串的步驟，從一開始的DNA轉錄成mRNA，隨後mRNA再轉譯成胺基酸序列，最終形成蛋白質，因此mRNA可以說是基因表現的中繼站。在真核生物中，DNA轉錄成mRNA也經歷了許多的處理步驟，透過RNA聚合酶可以將DNA作為模板合成pre-mRNA，接者進行加帽(capping)、剪接(splicing)、多聚腺苷酸化(po...
原創文章 引用請註明出處 Oxford Nanopore Technologies (ONT) 總部設立於英國，是一家提供奈米孔偵測電流變化的定序儀製造商，該技術節省了光學訊號偵測時間，提供了比NGS更快速的定序工具。 ONT於2014年所發表的第一台定序儀–MinION，是在人工合成的高電阻薄膜上鑲嵌數百個奈米孔，奈米孔結構類似生...
原創文章 引用請註明出處 Pacific Biosciences of California (PACB) 是一家成立於2004年的生物技術公司，總部位於美國加州門洛帕克(Menlo park)，主要進行基因定序儀器的開發和製造。該公司於2020年10月5日發表旗下最新一代的定序儀器–Sequel® IIe System，提高了儀器的運算效率和新增原機數據處理...
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