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你知道腸道微生物是怎麼影響宿主的嗎? 腸道微生物在近幾年來,許多研究都提出腸道微生物其實干預了宿主的健康甚至是調控宿主基因表現。目前的研究大多觀察到某些疾病與某些微生物有關,但確切是怎麼影響的、藉由什麼影響都還有待確認。 微生物代謝物就是其中一個值得探討的議題,在好幾年前的研究就已知腸道內的短鏈脂...
原創文章 引用請註明出處 細胞類型標記(細胞註釋)一直都是單細胞分析當中很重要的一環。對於樣本熟悉且經驗豐富的研究人員,也許可以透過細胞相關的 marker genes,加上該細胞的註釋,進而研究新的細胞亞群;這時候,有一個整理完善的 cell marker database 就很重要了。 小編以下整理幾個資料庫供大家參考:...
原創文章 引用請註明出處 先前小編跟大家介紹了一些單細胞文章,有些人可能會有疑問:那麼現今單細胞研究的發展趨勢為何呢?除了 NCBI pubmed 搜索單細胞研究文章外,還有哪裡可以搜尋相關文獻呢?有什麼資料庫可以參考?我明白10x Genomics有自己的文獻資料庫(選單 > Resources > Publications),...
【10x Genomics 新知分享】細菌性敗血症的免疫細胞特徵 感染造成免疫反應失調進而引起全身嚴重發炎反應的敗血症,是一種死亡率相當高的疾病,雖然已經有研究從敗血症患者血液中整體基因表現變化,定義了數個與敗血症相關的分子標記,但是對於存在於罕見細胞的分子標記以及特定免疫細胞類型基因表現的改變,尚待釐清。 今...
代謝體學新知分享,首次“代”你看看OxO,要代你看的是這幾個月大家都非常關注的病毒: SARS-CoV-2!也是就事大家熟知的COVID-19 (新冠肺炎或武漢肺炎)。目前針對COVID-19的研究主要專注於基因體(病毒基因體解析、病毒核酸診斷)、蛋白質體(抗原診斷、疫苗開發)和藥物開發,代謝體學當然也要助科學家一臂之力!代...
原創文章 引用請註明出處 生物醫學研究最常使用的資料庫莫過於 PubMed 文獻搜尋,但由於 PubMed 資料庫越來越龐大,如何在茫茫大海中正確找到自己需要的內容便顯著相當重要,因此如何對檢索結果進行篩選,例如篩選可投稿期刊、查詢領域內專家的論文與研究方向、各國家發表論文的分佈等是科學家們所關注的重點。...
原創文章 引用請註明出處 功能注釋(Functional Annotation)在基因體或轉錄體研究扮演非常重要的角色,最知名的網站工具以 DAVID 為代表(https://david.ncifcrf.gov/),DAVID 是一個功能相當強大的基因與功能分析平台,但由於其最後一次更新已距今三年半(DAVID 6.8 Oct. 2016),因此小編來為大家介紹一...
原創文章 引用請註明出處 多體學(Multiomics)是將多筆體學資料,像是轉錄體(transcriptome)、 蛋白質體(proteome)、微生物體(microbiome)、代謝體(metabolome)... 等整合研究,藉以推測潛在的因果關係(文章回顧:多體學新思維)。然而,多資料整合也有可能會遇上兩資料集相互無法解釋的情況。假設我...
原創文章 引用請註明出處 全基因體定序 (whole genome sequencing, WGS) 與全外顯子定序 (whole exome sequencing, WES) 該選哪種呢? 圖一: 常見的三種DNA定序種類,以及其常搭配的定序深度和可以偵測到的變異種類 (圖片來源http://www.genomesop.com/somatic-mutations/) 相信這個問題一定很多研究...
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