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原創文章 引用請註明出處 單細胞實驗設計讓我們可以更迅速且準確的掌握每個細胞涵蓋的訊息，把實驗做好做滿之外，如何解讀實驗設計並完整闡述一個故事，又是後期分析的另一項大考驗。近期有不少 paper 提到 Cell-Cell communication (Ligand-Receptor)[1-5]，透過 Ligand-Receptor 推測「細胞群」之間的互...
原創文章 引用請註明出處 [新知分享] Smart-seq3: 單細胞RNA定序的思考新方向 近年來，單細胞定序技術的突飛猛進帶動了在細胞發育與再生醫學、腫瘤微環境、免疫學相關研究、藥物開發、精準醫療等不同領域中重大的突破與發現。在這樣的趨勢下，也造就了單細胞定序平台百家爭鳴的現象，其中又以10x Genomics的單...
工作壓力大、事事不順心，每天都被生活瑣事給纏身，你是不是也憂鬱了呢？患有抑鬱症(Major depressive disorder, MDD)的人口每年逐漸攀升，在社交媒體上也會看到有關抑鬱症的知識和新聞。當然在這裡不是要探討造成抑鬱症的外在因素和心理治療方法，這次要帶你看看抑鬱症與生理間有什麼關聯？這種精神類的疾病和代謝又有...
原創文章 引用請註明出處 先前於 PICRUSt功能預測提琴圖/箱型圖 一文中介紹過 PICRUSt (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States) 是一種基於標記基因序列來預測基因功能的工具，其 2013 年發表後至今已有四千多次的文獻引用[1]。如今，釋出了升級版本 PICRUSt2[2, ...
就在2020年6月初，益生菌公司Pendulum Therapeutics，推出了第一款通過臨床試驗，適用於糖尿病患者的益生菌產品，可降低血糖和糖化血紅素(A1c or HbA1c)。看到這你可能會想，這又跟代謝體有什麼關係呢？益生菌又是怎麼調控人體血糖？ 想了解為什麼，首先，先了解糖尿病這個疾病吧！ 糖尿病的成因 糖尿病可分為第一型(...
原創文章 引用請註明出處 PubMed 資料庫越來越龐大，之前小編有一篇文章教大家在茫茫文獻大海中，如何正確找到自己需要的內容（PubReMiner 分析 PubMed 檢索資料）。而從事研究的過程中，如何掌握相關領域的進展是一件相當重要的事，又或者是掌握競爭實驗室的發表動態更是至關重大（深怕做得比人慢卻又不...
原創文章 引用請註明出處 PHATE分析計算流程 單細胞資料分析當中，最關鍵的步驟可以說是細胞聚類的結果；而細胞聚類牽涉到許多數學模型的設計，不論是高維資料轉換（降維）、去除雜訊（denoising）以萃取核心訊息等，都會影響到最後細胞分群結果，也因此不斷有方法推陳出新以求真實呈現細胞的聚類分佈。細...
原創文章 引用請註明出處 [新知分享] 10x Genomics 單細胞定序平台在COVID-19研究上的相關應用 自從2019年底爆發新冠肺炎病毒COVID-19全球的大流行之後，有非常多的專家學者與研究團隊紛紛投入疫苗的研製、藥物的製造與快篩試劑的研發。除此之外，也越來越多的學者將10x Genomics的單細胞定序的平台應用在這...
原創文章 引用請註明出處 上一篇文章介紹了細胞標記可參考的資料庫，這邊小編要來詳細介紹SingleR[1] --- 自動化標記細胞的套件。SingleR內建參考資料數據，包含細胞對應的基因表現量表、每一顆細胞的 cell type 註解（一個 cell type 可能有多個重複）。注意，小編這裡介紹的是舊版本(v1.0.1)，新版本已整...
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