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原創文章 引用請註明出處 #RNAseq #差異基因 #3小學堂 || 3分鐘速解RNAseq分析，本周介紹 DESeq2/DEGseq || 老闆說要看幾百種的基因表現量，選擇qPCR會做到手斷、選microarray沒有適合的panel，還有沒有其他選擇?? 別忘了還有RNAseq! 還不知道RNAseq好在哪? 點此回顧 了解RNAseq的優勢後，立即把樣本交給...
原創文章 引用請註明出處 噓~ 小編是吃了誠實豆沙包才寫的這篇文章，自從三代定序問世後，各式各樣三代定序的好處，隨處綻放在各式各樣的文獻，可是! 在定序技術一年又一年的進步中，處理龐大數據的各式分析工具有沒有跟上且發展成熟呢? 本篇文章不僅點出三代數據分析面臨的挑戰，還彙整了目前三代定序使用的 56...
原創文章 引用請註明出處 人類基因體最早在 2001 年被發布，是第一個被深度定序的脊椎動物基因體，也碰巧就是我們自身物種[1]，這篇文獻目前已被引用超過兩萬六千次以上。研究集結了美國、英國、日本、法國、德國和中國， 共 20 個世界各地的單位、費時 55 個月，將人類基因體覆蓋率從 10% 提升至 90% 以上。而...
原創文章 引用請註明出處 古龍大大在《小李飛刀》之中說道：「小李飛刀，例無虛發，只出一刀，無人能擋，只因天下武功無堅不摧，唯快不破」。 而Shasta就是那把刀! 我們不說空話，讓證據說話，且聽小編娓娓道來~ Shasta是一個用於Oxford Nanopore Technologies(ONT)定序數據的從頭組裝和矯正算法，由加州大學聖...
原創文章 引用請註明出處 在微生物體功能預測研究上，少不了與時俱進的分析工具帶來的助益。除了先前介紹的PICRUSt2 功能預測分析，另外以R語言開發的基因功能預測套件 Tax4Fun 菌群功能預測 於 2018也釋出全新升級的 Tax4Fun2[1]。相較於原Tax4Fun增加不少優點，主要為 (一) 不再限制使用SILVA物種資料庫作為...
【RNAseq小學堂】基因表現量方法比拼 RNA-seq vs. Microarray 不知道你有沒有做過北方墨點法 (Northern blot) 的實驗呢？在將電泳結果轉移到尼龍膜上時，堆疊濾紙片是否小心翼翼排除氣泡？或是擔心擦手紙堆被撞倒？在使用Ｘ光底片偵測序號時，是否反覆測試曝光時間？漫長的實驗卻只能分析單一基因的表現量。又或著，你是...
原創文章 引用請註明出處 RNA的品質在後續的應用上扮演著決定性的角色，一般來說用來評斷RNA品質的好壞除了常聽到的260/280、260/230 ratio外，利用RNA integrity number (RIN)值來判斷RNA片段的完整性是另一個評定RNA品質較為重要的指標。但RNA相對來講較不穩定，也容易受到很多因素的影響而發生降解。 因此...
【圖爾思雲平台-RNAseq】 解救你我 RNAseq 數據分析的難題! 我說，這個分析結果.... 在揮霍汗水收集樣本、萃取RNA之後，順利的把樣本交給廠商上機與分析，滿心期待拿到結果後，是否發生了以下的狀況呢? (1) 面對大量的數據，無從看起 (2) 資料解讀不如預期 (3) 想調整分組或篩選條件，廠商說再等1週，反覆溝通超...
【三代定序 新知分享】我全都要 !! PacBio HiFi reads讓你好貪心也沒關係 小編相信大家都生活在這個社會這~麼久了，一定有學習到這樣一個亙古不變的經驗: 如果想要省時間，一定就會耗費比較多的能量; 如果想要用比較少的能量來完成一件事，時間就一定會拉得很長。 即使今天找到了一個又省時間又省能量的方法，卻一定不...
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