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eGWAS (Expression/ Expression-based genome-wide association study)顧名思義是基於表現量的全基因體關聯分析，常用於基因表現量與遺傳突變、基因表現量與性狀以及遺傳突變與性狀的關聯分析。 SNP突變在生物體內普遍發生，很多複雜疾病、癌症、農藝性狀等都與SNP突變密切相關，但是大部分SNP並不會引起轉錄本 (transcript...
10x Genomics 定序技術平台發表至今，以迅雷不及掩耳之勢強勢進軍定序領域，基於獨特的GemCode平台及linked-read定序使其可獲得極長片段遺傳資訊，從而進行染色體結構變異及單倍型 (Haplotype)檢測。 自2016年發表的對生殖系統和癌症基因體進行單倍型分析和結構變異檢測[1]，探索罕見基因剔除對人類健康和族群的影響[2]，...
原創文章 引用請註明出處 研究細胞生理途徑(cellular pathways)的人有福了！無論是研究癌症相關途徑、細胞層次免疫反應，或是特定代謝途徑，隨著次世代定序技術的進步，以往耗時耗財的細胞途徑研究將有突破性的發展。在2016年陸續有頂級期刊發表Perturb-seq的運用，以單一基因和單一細胞的解析度，將複雜的細胞調...
想必身為研究人員的你，目前正規劃新一年的研究計畫吧！想在2017開始你的動植物高品質基因體de novo研究嗎？小編來幫忙，以最新發表的2篇Nature基因體文章以及動植物基因體(PAG)大會來介紹目前趨勢，為您全面規劃最新最熱的高品質de novo研究策略！ 2篇Nature基因體文章 在2017年短短2個月時間裡，三代基因體的文章已...
近年來，由於次世代定序 (Next generation sequencing, NGS) 的技術演進以及定序成本漸趨低廉，以往所費不貲的基因體研究大為盛行。NGS 在學術以及臨床應用的潛力不只體現在腫瘤基因體與孕婦非侵入式產前檢測，近年備受矚目的是基於 NGS 基礎在微生物體學的研究，其中人體腸道菌相更是研究的熱點。目前已知腸道菌對於人類...
隨著生活節奏的加快，越來越多的人沒時間運動，即使有時間也都宅在家裡休息。這種生活方式下，一種疾病也在悄然影響著我們的健康。有數據顯示，目前全世界肥胖的人數大概有6億，而超重的人數則達到了16億，肥胖已然成為一個不可忽視的問題。 都是菌群失調惹的禍 Nature上的一篇文章闡述了腸道微生物的功能，介紹了腸...
GWAS要想做得好，材料選擇是至關重要的一環.So，小編查閱上上文GWAS文章，精心梳理了一套GWAS的取樣策略，是不是很貼心呢？趕緊來學習一下吧！ 一、常見經濟作物樣本選擇 對於經濟作物來說，一般都有成百上千個品系，其中包括野生種，地方栽培種，馴化種和商業品種。一般選擇多個品種來確保群體遺傳多樣性。文獻中常見...
原創文章 引用請註明出處 今天這篇是小編頭一次以專文介紹單一種的腸道細菌，這樣的特殊待遇可是其他腸道細菌還沒有的呢，所以看倌們可要擦亮眼睛，看看這隻細菌到底special在哪裡。說起Akkermansia muciniphila(以下簡稱A. muciniphila)，最親民的維基百科上可以找到牠的基本資料： (1) 絕對厭氧的革蘭氏陰性菌...
<皮膚微生物與痘痘> 不知不覺冬天已經過去一大半，冬日裡機體代謝慢，小編以為這樣就不會長痘痘了，但小編用自己的經歷告訴大家，痘痘跟天氣無關。 加州大學聖地牙哥分校的Richard Gallo教授發表關於皮膚微生物與長痘之間的關係的文章，研究表明...
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