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原創文章 引用請註明出處 從事生物研究的人都知道，經過一段戰戰兢兢的實驗設計和操作過程之後，最重要的下一步就是把實驗結果視覺化。無論是實驗室咪聽還是研討會報告，甚至是投稿期刊，把研究成果清楚地呈現給大眾是很重要的。小編今天要介紹的是相對少見但很有意思的分析圖，叫做「三元相圖」。顧名思義，三元...
小編將為各位帶來10x Genomics的系列報導，首先是全新升級的Chromium平台，目前究竟有哪些成功的應用呢？ 2015年2月，10x Genomics公司推出GemCode平台，以超長片段卻能保有極高正確率而引起廣泛關注，而2016年2月全新升級的Chromium平台在多種應用中的表現更為優異。就DNA而言，該平台可與Illumina 次世代定序系統無縫接...
原創文章 引用請註明出處 今天小編來分享一下微生物分析中常用的Beta Diversity，其中有幾款視覺化樣本分組比較分析最為常見，我們就來一一介紹吧！ PCA分析 主成分分析（PCA, Principal Component Analysis），是一種應用方差分解，對多維數據進行降維，同時保持數據集中雙方差貢獻最大的特徵，從而有效地找出...
eGWAS (Expression/ Expression-based genome-wide association study)顧名思義是基於表現量的全基因體關聯分析，常用於基因表現量與遺傳突變、基因表現量與性狀以及遺傳突變與性狀的關聯分析。 SNP突變在生物體內普遍發生，很多複雜疾病、癌症、農藝性狀等都與SNP突變密切相關，但是大部分SNP並不會引起轉錄本 (transcript...
10x Genomics 定序技術平台發表至今，以迅雷不及掩耳之勢強勢進軍定序領域，基於獨特的GemCode平台及linked-read定序使其可獲得極長片段遺傳資訊，從而進行染色體結構變異及單倍型 (Haplotype)檢測。 自2016年發表的對生殖系統和癌症基因體進行單倍型分析和結構變異檢測[1]，探索罕見基因剔除對人類健康和族群的影響[2]，...
原創文章 引用請註明出處 研究細胞生理途徑(cellular pathways)的人有福了！無論是研究癌症相關途徑、細胞層次免疫反應，或是特定代謝途徑，隨著次世代定序技術的進步，以往耗時耗財的細胞途徑研究將有突破性的發展。在2016年陸續有頂級期刊發表Perturb-seq的運用，以單一基因和單一細胞的解析度，將複雜的細胞調...
想必身為研究人員的你，目前正規劃新一年的研究計畫吧！想在2017開始你的動植物高品質基因體de novo研究嗎？小編來幫忙，以最新發表的2篇Nature基因體文章以及動植物基因體(PAG)大會來介紹目前趨勢，為您全面規劃最新最熱的高品質de novo研究策略！ 2篇Nature基因體文章 在2017年短短2個月時間裡，三代基因體的文章已...
近年來，由於次世代定序 (Next generation sequencing, NGS) 的技術演進以及定序成本漸趨低廉，以往所費不貲的基因體研究大為盛行。NGS 在學術以及臨床應用的潛力不只體現在腫瘤基因體與孕婦非侵入式產前檢測，近年備受矚目的是基於 NGS 基礎在微生物體學的研究，其中人體腸道菌相更是研究的熱點。目前已知腸道菌對於人類...
隨著生活節奏的加快，越來越多的人沒時間運動，即使有時間也都宅在家裡休息。這種生活方式下，一種疾病也在悄然影響著我們的健康。有數據顯示，目前全世界肥胖的人數大概有6億，而超重的人數則達到了16億，肥胖已然成為一個不可忽視的問題。 都是菌群失調惹的禍 Nature上的一篇文章闡述了腸道微生物的功能，介紹了腸...
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