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微生物影響著人體的健康，且與許多疾病有關，如巴金森氏症（Parkinson’s disease, PD）、氣喘、困難梭狀芽孢桿菌感染症（Clostridium difficile infection, CDI）、慢性腎臟病（chronic kidney disease, CKD）、癌症，但其致病機制和治療方法仍有許多未解的難題。對此，由圖爾思生物科技、中央研究院生化所、台大醫...
過去常常被遺忘的器官—腸道菌叢，在 2020 年一開始，在第四屆亞洲微生物體趨勢論壇被熱烈討論！本次論壇由圖爾思生物科技、中央研究院生化所、台大醫院、臺北醫學大學主辦，邀請亞洲知名專家、學者，分享最新趨勢及研究，盼集結產官學界的不同想法與意見，為台灣微生物領域的研究激發更多創新動能，開啟更多新的契機...
原創文章 引用請註明出處 全基因體定序 (whole genome sequencing, WGS) 與全外顯子定序 (whole exome sequencing, WES) 該選哪種呢？ 圖一: 常見的三種DNA定序種類，以及其常搭配的定序深度和可以偵測到的變異種類 (圖片來源http://www.genomesop.com/somatic-mutations/) 相信這個問題一定很多研究...
今(5)日，國內專注於微生物體學(microbiome)與次世代定序(NGS)技術的圖爾思生物科技公司(BIOTOOLS)，及圖爾思微生物體研究中心(BMRC)接受本刊專訪。BMRC執行長劉君豪表示，在耕耘多年的學研市場後，圖爾思將鎖定「營養」、「口腔」、「感染症」三大領域積極布局，正式將其次世代定序技術服務推向臨床應用。 劉君豪指出，圖...
原創文章 引用請註明出處 DADA ( Divisive Amplicon Denoising Algorithm) 是一種校正擴增子序列錯誤的演算模型，分析不採用聚類方法建構 OTUs [1]。雖然過往研究通常採用 97% 或 99% 序列相似程度進行 OTU clustering 並以代表序列做後續分析，但也知道 OTU 並不能完全代表一個物種，因而限制了微生物物...
原創文章 引用請註明出處 熱圖（Heatmap）是多體學關聯分析常見的呈現方式，目的是將不同體學觀察值的相關性透過熱圖呈現，顏色與統計說明體學資料間的關聯程度。常見也有將「微生物統計顯著數值」和「微生物相對豐度」與熱圖整合呈現，如下圖。 HAllA (Hierarchical All-against-All association) 是...
圖爾思NGS部門自發展初期即致力於微生物體的全球研究趨勢與應用，至今累積發表文獻已多達10篇。圖左為亞州準譯李定寰處長，圖右為圖爾思微生物體研究中心執行長劉君豪。 基於定序技術所帶領的微生物體學(Microbiome) 研究在近年來有不少的文章被發表，包含癌症免疫治療、人體微生物組成，以及營養與益生菌、健康與疾病的...
原創文章 引用請註明出處 基因表現研究從過去的 Microarray (Gene Expression Profile) 到 NGS (RNA-seq) 分析皆需要探究所謂的功能富集 (Functional Enrichment)，而不管是做 GO 或 Pathway (KEGG / IPA / DAVID) 分析，皆需要透過基因表現的差異 (Over Representation Analysis, ORA)篩選出一組基因列表，...
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