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原創文章 引用請註明出處 [新知分享] 10x Genomics 單細胞定序平台在COVID-19研究上的相關應用 自從2019年底爆發新冠肺炎病毒COVID-19全球的大流行之後，有非常多的專家學者與研究團隊紛紛投入疫苗的研製、藥物的製造與快篩試劑的研發。除此之外，也越來越多的學者將10x Genomics的單細胞定序的平台應用在這...
原創文章 引用請註明出處 上一篇文章介紹了細胞標記可參考的資料庫，這邊小編要來詳細介紹SingleR[1] --- 自動化標記細胞的套件。SingleR內建參考資料數據，包含細胞對應的基因表現量表、每一顆細胞的 cell type 註解（一個 cell type 可能有多個重複）。注意，小編這裡介紹的是舊版本(v1.0.1)，新版本已整...
你知道腸道微生物是怎麼影響宿主的嗎？ 腸道微生物在近幾年來，許多研究都提出腸道微生物其實干預了宿主的健康甚至是調控宿主基因表現。目前的研究大多觀察到某些疾病與某些微生物有關，但確切是怎麼影響的、藉由什麼影響都還有待確認。 微生物代謝物就是其中一個值得探討的議題，在好幾年前的研究就已知腸道內的短鏈脂...
原創文章 引用請註明出處 細胞類型標記（細胞註釋）一直都是單細胞分析當中很重要的一環。對於樣本熟悉且經驗豐富的研究人員，也許可以透過細胞相關的 marker genes，加上該細胞的註釋，進而研究新的細胞亞群；這時候，有一個整理完善的 cell marker database 就很重要了。 小編以下整理幾個資料庫供大家參考：...
原創文章 引用請註明出處 先前小編跟大家介紹了一些單細胞文章，有些人可能會有疑問：那麼現今單細胞研究的發展趨勢為何呢？除了 NCBI pubmed 搜索單細胞研究文章外，還有哪裡可以搜尋相關文獻呢？有什麼資料庫可以參考？我明白10x Genomics有自己的文獻資料庫（選單 > Resources > Publications），...
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【10x Genomics 新知分享】細菌性敗血症的免疫細胞特徵 感染造成免疫反應失調進而引起全身嚴重發炎反應的敗血症，是一種死亡率相當高的疾病，雖然已經有研究從敗血症患者血液中整體基因表現變化，定義了數個與敗血症相關的分子標記，但是對於存在於罕見細胞的分子標記以及特定免疫細胞類型基因表現的改變，尚待釐清。 今...
人類被各種疾病威脅，很多患者病程已經進入危急，卻還找不到病源，醫師只能依照臨床經驗嘗試可能的抗生素，但沒有對症下藥的結果，病情往往很難順利控制，全球一年有超過 1,400 萬人死於感染性疾病。如今科技利器提供幫助，在這場「未知病原」戰役中，利用病原高通量基因定序（mNGS）檢測方式有望突破這樣的困境。 傳統檢...
當年 SARS 從被發現到確定是何種病源感染，花費將近 5 個月，在未釐清病原下，醫護像是蒙著眼睛在打仗。17 年後的今天，有了先前經驗加上檢測技術發展成熟，成功大幅縮短判定未知病原的時間，不到一個月的時間便確認 COVID-19 也是冠狀病毒，其中 mNGS 檢測技術更是關鍵功臣。 新興疾病如何判別「它是誰」 「新冠肺炎嚴重...
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