18 2022．11

BIOTOOLS檔案_ 動物WGS擂台！PacBio vs. Nanopore 要選哪一個？
解決你的選擇障礙，為你的研究穿上最適合的套裝

原創文章引用請註明出處

▌案件大綱

品項: 動物基因體定序
定序平台: PacBio Sequel IIe
樣品物種/類型: 魚類/組織
欲解決案件難題: 客戶欲定序手中的魚類物種，該物種已於 Illumina 定序平台與 Nanopore MinION 定序平台完成定序，但由於該魚類物種重複序列占比高達 30~40%，依靠既有的數據進行組裝得到的組裝結果並不理想，因此詢問圖爾思使用 Nanopore PromethION 或是 PacBio Sequel IIe 等高通量定序平台何者較為合適進行高比例重複序列的魚類樣品定序。
解方: 提供高品質 DNA 萃取建議，與比較魚類物種在 PacBio 與 Nanopore 定序平台上產出數據量及 N50 等數值，與後續建議組裝工具，最終取得客戶滿意之定序結果。

▌案件詳述

隨著定序技術的進展，每個定序技術都有自己的優勢與弱項，三代定序技術也有一樣的特點。你也許會發現某些物種在特定的定序平台數據的產出異常的不理想，最眾所周知的就是多醣類殘留會影響三代定序的讀長，不論是 PacBio 或是 Nanopore。

本篇要分享的案件樣品屬於特殊魚種，客戶一開始在高完整度 DNA (High Molecular Weight, HMW DNA) 的萃取上就遭遇了困難，不僅 OD260/230 比值不佳，樣品中還有較多的小片段 DNA 存在，補送了非常多次樣品，幾乎可以想像那隻魚已經體無完膚 XDD。

其實非人類或小鼠等物種的樣品常常在 HMW DNA的獲取上就先遇到了瓶頸，所以我們有針對 HMW DNA 的萃取整理了一篇文章 (傳送門)，分享給本篇的客戶，客戶樣品的補件也有明顯的改善。在經過實驗室進行片段篩選與純化步驟後，終於獲得了適合進行三代定序的 HMW DNA 可以準備建庫!

在定序平台的選擇，其實本篇的客戶一開始詢問的是 Nanopore PromethION 平台，希望能藉由高通量數據產出結合原先的 Nanopore 與 Illumina 數據進行組裝，但在確認過原先 MinION 平台的產出，與多方文獻單片晶片產出的調查後，FAS 建議本次魚類物種的定序平台轉至 PacBio Sequel IIe 平台會獲得較好的產出與讀長，而該客戶也表示其實他參考的國外文獻大多使用 PacBio 進行定序，所以馬上決定跟著趨勢走!

定序結果單片 SMRT cell 獲得了 ~97Gb 的數據，subreads N50 達 17kb，如下圖。定序結果比客戶預估的還要好得太多，是可喜可賀的結果!

補充: 該樣品後來仍然有在 Nanopore PromethION 進行包片定序，產出僅達 50 Gb; 讀長 N50 為9.6 kb，可見不同的物種有不同的最適定序平台。

圖爾思備有兩大三代定序技術最大通量平台，提供科學家更多更合適的定序選擇。針對特殊物種的定序產出有疑慮時，歡迎尋求 FAS 的支援幫您的研究埋好埋滿可靠的防雷線!

若你有遇到相同的問題，歡迎與我們聯繫。

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圖爾思生物科技 / 微生物體研究中心

吳雁韻文案

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