BIOTOOLS檔案_16S轉全長，圖爾思帶你無痛二轉三
▌案件大綱
- 品項: FL16S rRNA gene 定序
- 定序平台: PacBio Sequel IIe
- 樣品物種/類型: 小鼠/糞便檢體
- 欲解決案件難題:客戶腸道菌主題研究計畫原先使用 16S v3-v4 定序進行，在聽完三代定序巡迴演講後想轉做全長 16S 以求較多的資訊進行投稿，但 16S v3-v4計畫仍在進行中。
- 解方: FAS 進行歷年文獻搜尋且整理為清楚易懂的簡報，提供在同一篇文獻中由 16S v3-v4接FL16S的研究邏輯案例見解
▌案件詳述
每個實驗都有背後的心酸血淚。歡迎觀看本集的BIOTOOLS檔案，本集分享的主題是 16S轉全長，圖爾思帶你無痛二轉三！
本篇案件分享的案例，可能會是很多微生物研究者曾經遇到或面臨中的問題:
手上進行中的研究是否有可能由 Illumina Miseq 16S rRNA v3-v4 區間定序轉為PacBio Sequel IIe 全長16S rRNA 定序?
其實一般來說在同一個計劃內，我們都是建議客戶可以保持研究方法的一致性，以求數據的穩定度。
本次案件分享的客戶一直以來都是使用定序平台 Miseq 進行16S v3-v4 區間的定序，但隨著三代定序在全長 16S 定序的成熟，後續的研究支持與分析工具越來越多，已經有越來越多的微生物研究者將定序的規格提升到全長16S以獲取更多的物種資訊。
<大多數可變區域足以識別屬，但不太可能充分區分至物種。因此，無論聚類的分辨率如何，僅使用部分的可變區域都可能無法代表微生物體樣本的真實物種豐富度。>
本次案件分享的客戶在參加完圖爾思於 2021 年舉辦的三代定序全台巡迴演講後，希望能轉而使用三代定序進行 16S的全長變異區的定序，以得到更多的資訊進行高分投稿，但由於目前手上計劃的樣品已經有部分使用Miseq 進行16S v3-v4 區間的定序，接下來的樣品若是轉而進行 PacBio 全長 16S 定序，在實驗的設計與邏輯上希望能有一個完整的思路來說明轉換平台的必要性與原因。
其實一般來說研究上在同一個計劃內，會轉換研究方法的案例並不多，所以圖爾思的三代 領域應用科學家(Field application scientist, FAS) 藉由尋找過去發表過的文獻中是否也有相同的案例在同一篇菌相研究的定序方法中同時涵蓋 16S v3-v4 區間定序與全長 16S 定序來提供客戶研究的方向。文獻搜尋的結果絕大部分都是在做不同定序平台或是不同 16S 變異區定序的比較。在同一篇文獻中進行平台轉換之研究在茫茫的PubMed文獻中僅有兩例。
為了提供客戶良好的研究案例參考，在詳細與該客戶討論且確認需求後，FAS 不僅僅將上述兩例文獻提供給客戶，同時針對文獻內容進行了整理，將文獻中每個研究步驟的邏輯、目的、結果，以及由二代16S v3v4轉PacBio 做全長16S 的原因、最終獲得的優勢都整理成中文的簡報提供給客戶，在結果上非常順利的協助客戶進行平台的轉換，克服障礙。
圖爾思三代定序服務以協助科學家們的研究為服務信念，在實驗設計之初提供 FAS 團隊諮詢服務、給與專業品質保證之定序服務、在分析報告方面亦持續更新以提供最豐富的分析內容，最終的分析報告內容由專人進行講解，讓您研究中的每一步皆有圖爾思團隊的專業陪伴。
若你有遇到相同的問題，歡迎與我們聯繫。
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