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2016．05
RIN值高低對RNA-seq的影響有多大？
RIN值（RNA integrity number），即RNA分子完整數，數值從0-10，數值越大表明RNA質量越好、越完整，直接反映了RNA質量的高低。
通常我們認為，降解的RNA會導致mapping率降低，影響基因的表現差異分析等。但實際上，由於樣本本身性質等原因，我們可能無法得到RIN值較高的樣品。
那麼，究竟樣品RIN值偏低，會不會影響資料分析？RIN值7.0和9.0的樣本在後續分析中效果會差很多嗎？樣品RIN值只有5.0一定得不到好的分析結果嗎？
小編用一篇發表在BMC Biology (IF:7.984) 上的文章，我們一起看看RIN值對RNA-seq的影響有多大~
論文名稱 RNA-seq：impact of RNA degradation on transcript quantification
研究內容
5 組人類外周血細胞樣本，每組 4 個樣本（取自 4 個個體），分別在室溫下放置 0h 、 12h 、 24h 、 48h 、 84h ，使 5 組樣本 RIN 值範圍為 9.3-3.8 。探究 RIN 值對後續分析 RPKM 、差異基因等的影響。
研究結果
1. 對mapping 率的影響
文章中對單一mapping reads 和 mapping 到基因上的reads 數量進行分析，結果表明：當RIN 值較高時（RIN 值 ≥ 6.3 ），兩者值均較好，並且同一個體的樣本間相關性較高，而當RIN 值低於6.3 時，樣本間相關性變得不再明顯。
2. RIN值對基因表現檢測的影響
0h 樣本可看做是無降解的對照組，與之相比，體現的是各降解樣本基因表現檢測的真實性。從圖中可看出：處理12h 和24h 的樣本，基因表現水平與0h 樣本並無顯著差別，而處理48h 和84h 的樣本，與0h 樣本的差別逐明顯，並且RPKM 值在0 附近的基因密度有所增加，RPKM 值為1 的基因密度明顯減少。
3. 不同轉錄本降解速率差異
研究發現 CDS 的長度、GC含量、3'UTR的長度均會影響 transcript 的降解速率，但 transcript 的總長度和降解速率卻沒有顯著的關係。 
所以小編可以來回答幾個問題了～～
所以小編可以來回答幾個問題了～～
1. 樣品RIN值偏低，會影響數據分析嗎？
會！但程度不等！RIN 值對後續的分析的確會有一定程度影響：一般RIN 值高於6.3 的樣本分析結果較為準確，受到RNA 降解影響較小。
2 . RIN 值7.0 和9.0 的樣本在後續分析中效果會差很多嗎？
並不明顯!!
3. 樣品RIN 值只有5.0 一定得不到好的分析結果嗎？
不一定~從低RIN值的樣本中，我們也可以得到一些有效數據，比如研究中，RIN值為 4 的樣本也可用來鑑別個體間差異。具體情況還要考慮基因的表現、降解速率等。
分析包含全部質量的樣本（不排除RIN值較低的樣本），只要明確RNA質量測定的模型和RNA 測序研究的目標，一樣可以得到理想的結果。
圖爾思生物科技 / 諾禾致源文案
