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蛋白質資料庫大彙整

生物資訊領域在生命科學研究的地位已經越來越重要，而生物資訊分析中非常重要的一個環節就是 "資料庫"，不論是NGS、蛋白質體或是代謝體要能進行生物資訊分析的大前提就是要有足夠的資料庫，不然根本無法進行身份的比對或是更進一步的資料分析。那到底資料庫要去哪裡找？以及每種資料庫的特色是什麼？圖爾思SuperLab今天就為大家完整呈現所有的蛋白質資料庫，讓你在蛋白質的研究路上不會孤單覺得冷，讓我們成為一股熱流通過並溫暖你的心：

UniProt(http://www.uniprot.org/)蛋白質序列與功能訊息資料庫：這個網站主要提供詳細的蛋白質序列、功能描述、結構、轉譯後修飾作用、修飾的位點、變異性、二級結構、三級結構等資訊，除此之外，這個網站也同時提供了其他資料庫，例如：序列資料庫、立體結構資料庫、2D電泳資料庫與蛋白質家族資料庫的資料庫連結。
NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)綜合資料庫：NCBI資料庫主要涵蓋Gene、Genome、GEO、Map viewer、BLAST、smartBlast與蛋白質資料庫。
InterPro(http://www.ebi.ac.uk/interpro/)蛋白質總和資料庫：提供大量資料庫整合而成的蛋白質結構、蛋白質家族、功能位置等資料。
The Human protein Atlas(https://www.proteinatlas.org/)資料庫：瑞典於2003年啟動人類蛋白質圖譜計畫，這個計畫的目的主要是利用各種體學的生物技術將細胞、組織與器官中的所有人類的蛋白質以圖譜的形式進行定義。
ExPASy(https://www.expasy.org/)蛋白質線上分析工具：用來分析蛋白質氨基酸組成份與分子量、理論等電點、氨基酸組成份與其帶電氨基酸數量、原子組成份與分子式、半衰期、不穩定係數、親水性係數的資料庫與分析軟體。
PIR(http://pir.georgetown.edu/)蛋白質訊息註釋資料庫：提供即時、高品質、廣泛的註釋網站，裡面內含例如：iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort等多達90多種生物資料庫。
BRENDA(http://www.brenda-enzymes.org)蛋白脢資料庫：提供蛋白脢的分類、命名、作用、生化反應、專一性、結構、分離方法、文獻、應用及相對應疾病的資料庫。
CORUM(mips.gsf.de/genre/proj/corum/)哺乳類動物蛋白質複合物資料庫：提供哺乳類動物蛋白質複合物的命名、特性、相關文獻的資料庫。
IUPHAR-DB(http://www.iuphar-db.org)資料庫：提供G蛋白質受體和離子通道蛋白質生成的基因、特性、表達圖譜、機轉與多樣性的資料庫。
Paxdb(http://pax-db.org/)蛋白質表達豐度資料庫：是一個完整的蛋白質表達豐度的資料庫，包含了生物與組織間全基因體蛋白質豐度資料庫。除此之外，還為每個有機物和組織提供了高覆蓋率與高品質的集成資料，更透過導入蛋白質網絡對所有資料進行評分和排序。
SWISS-2DPAGE(http://www.expasy.org/)資料庫：提供人類、小鼠、大腸桿菌、酵母菌的2D-PAGE參考圖。
ConsensusPathDB(http://cpdb.molgen.mpg.de)資料庫：提供蛋白質交互作用、生化反應與基因調控資料庫。
HPRD(http://www.hprd.org/)資料庫：提供人類蛋白質所有文獻的資料庫。
UniHI(http://www.unihi.org/)蛋白質交互作用資料庫：提供人類蛋白質交互作用的資料庫，可以讓使用者依照蛋白質名稱、代謝路徑進行資料查詢。
BioGRID(https://thebiogrid.org/)蛋白質交互作用資料庫：提供人類遺傳和蛋白質交互作用的資料庫。一個公開的資料庫。
3DID(http://3did.irbbarcelona.org)資料庫：匯集了所有已知3D結構蛋白質的資料庫，使用者可以透過結構、名稱、蛋白質序列、GO碼、PDB ID 和 Pfram 碼進行查詢。
PiSite(http://pisite.hgc.jp)資料庫：以PDB最為基礎，讓使用者以蛋白質序列搜尋交互作用位點的資料庫。
Binding MOAD(http://www.BindingMOAD.org)資料庫：提供蛋白質結晶結構的資料庫。
STITCH(http://stitch.embl.de/)資料庫：提供蛋白質與化合物作用的資料庫。
Reactome(http://www.reactome.org)資料庫：提供人類生理路徑與機轉的資料庫，對於參與其中蛋白質有非常詳細的介紹，並且與其他資料庫 (例如：UniPort、KEGG、OMIM等...) 建立廣泛的交互應用。
Bionemo(https://bioinformatics.cnioes/)資料庫：提供所有和代謝有關的蛋白質與基因資料，並提供代謝路徑圖與相關生化反應的資料。
InBio Map(www.intomics.com/inbio/map/)資料庫：提供非常完整的蛋白質交互作用資料庫。
STRING(https://string-db.org)資料庫：提供已知與預測蛋白質交互作用的資料庫。
Protein Data Bank(http://www.wwpdb.org/)資料庫：專門提供大分子結構的資料庫，提供包含蛋白質、核酸等大分子的3D結構、序列和特性的資料庫。
CDD(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)資料庫：提供蛋白質保留結構區域的資料庫。
CPDB(sarst.life.nthu.edu.tw/cpdb)資料庫：提供環狀蛋白質序列與相關資訊的資料庫。
Pfam(https://www.sanger.ac.uk/)資料庫：提供蛋白質多序列比對服務的資料庫。