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2021．10
【RNAseq 3小學堂】DESeq2/DEGseq 基因差異表現量分析
原創文章 引用請註明出處
#RNAseq #差異基因 #3小學堂
|| 3分鐘速解RNAseq分析，本周介紹 DESeq2/DEGseq ||
老闆說要看幾百種的基因表現量，選擇qPCR會做到手斷、選microarray沒有適合的panel，還有沒有其他選擇?? 別忘了還有RNAseq! 還不知道RNAseq好在哪? 
點此回顧
點此回顧了解RNAseq的優勢後，立即把樣本交給廠商分析，在拿到數據的那一刻，你是否眉頭深鎖，老闆問說這怎麼做出來的，卻只能乾笑而過？！ 讓小編帶你一同了解RNAseq分析內容的眉眉角角吧！
|| 要做差異表現量分析，你需要注意... ||
圖爾思使用DESeq2/DEGseq進行基因差異表現量分析，先不管那些複雜的數據過濾、校正、標準化...等步驟，當我們拿到處理後的數據時我們可以得到哪些資訊? 以及有哪些重點需要注意呢?
有無重複 是否和小編一樣，看到工具名稱這麼長串覺得疑惑呢? 其實這是兩種處理樣本"有重複" 和 "無重複" 的工具。
DESeq2 → 有生物性重複
DEGseq → 無生物性重複
生物樣本不論是否重複，目前都對應的工具可以進行差異基因的篩選，但經過小編深入的探查，生物樣本重複，不僅能排除個體差異帶來的判讀偏差外，在發表文章時數據更具說服力、更能順利通關!
差異篩選
DESeq2/DEGseq 提供基本的兩兩比較計算結果，包括：pvalue、padj、foldchange、mean...等之外，也會提供重要的基因資訊，包括：Ensembl gene ID、NCBI基因名稱、基因功能等註釋結果(如下圖)。接下來要進行差異基因表現量分析了!! 但你可能會想：
有無重複 是否和小編一樣，看到工具名稱這麼長串覺得疑惑呢? 其實這是兩種處理樣本"有重複" 和 "無重複" 的工具。
DESeq2 → 有生物性重複
DEGseq → 無生物性重複
生物樣本不論是否重複，目前都對應的工具可以進行差異基因的篩選，但經過小編深入的探查，生物樣本重複，不僅能排除個體差異帶來的判讀偏差外，在發表文章時數據更具說服力、更能順利通關!
差異篩選
DESeq2/DEGseq 提供基本的兩兩比較計算結果，包括：pvalue、padj、foldchange、mean...等之外，也會提供重要的基因資訊，包括：Ensembl gene ID、NCBI基因名稱、基因功能等註釋結果(如下圖)。接下來要進行差異基因表現量分析了!! 但你可能會想：
|| 不需操作複雜的分析介面是不錯，但是我想試試不同的篩選條件 ||
外送給廠商分析，基本上只提供一種篩選條件，想要更換條件除了在花$$的危機外，還要花時間來回溝通，Deadline就火燒屁股了，還要等多久?! 要省時、省錢，你需要有好的工具!
圖爾思生物科技/微生物體研究中心
沈筱凌/顏維萱
沈筱凌/顏維萱
