體內微生物會影響健康嗎？

肥胖關微生物甚麼事兒？

文章題目：Richness of human gutmicrobiome correlates with metabolic markers

發表期刊：Nature，2013

影響因子：42.351

材料選取：123位非肥胖和169位肥胖的丹麥人糞便樣本

定序策略：illumina定序平台，宏基因體定序，平均每個樣本68.2 million high-quality reads

圖1. 豐富程度低（LGC）的人更容易肥胖
 

皮膚微生物那麼多！

文章題目：Biogeography and individuality shape function in the human skin metagenome

發表期刊：Nature，2014

影響因子：42.351

材料選取：15位健康人的各18處身體部位採樣

定序策略：illumina HiSeq定序平台，宏基因體定序，總共得到289G數據

主要結果：1）各部位細菌、真菌和病毒存在特異性，且個體間也存在差異，皮膚部位病毒和真菌的含量明顯高於包括腸道在內的其它身體部位。2）構建了近600萬個基因體成的參照目錄，可用以識別目前沒有參照基因體的皮膚微生物基因特徵。

文章題目：Gut metagenome in European women with normal, impaired and diabetic glucose control

發表期刊：Nature，2013

影響因子：41.456

材料選取：血糖正常的、不正常的以及正在進行血糖控制的70歲歐洲婦女的糞便樣本，共145人

定序策略：illumina HiSeq 2000定序平台，宏基因體定序，每個樣本3.1Gb的數據量

主要結果：1）有監測的糖尿病人（ T2D組）的四種乳酸菌屬的豐度增加、五種梭菌屬的豐度降低，且三種人群糞便中基因數目相近。2）聚集三者中相關性高的基因，定義為基因簇（MGCs）；800個最大MGCs中最少的有104個基因，總共有550,188個基因。3) 將基因簇與NCBI的非冗餘目錄進行比對，發現在種水平上36%的MGCs有共同祖先。

圖3. (a) 宏基因體簇數目和基因數目 (b) MGCs中各分類水平所佔比例 (c) NGT and T2D人群中800個最大MGCs相對豐度

從口而入的結直腸癌MLG

文章題目：Gut microbiome development along the colorectal adenoma-carcinoma sequence

發表期刊：Nature Communications，2015

影響因子：10.742

材料選取：57位健康人、44位腺瘤病人和46位結直腸癌病人

定序策略：illumina HiSeq PE100定序平台，宏基因體定序，平均每個樣本5G的數據量

研究結果：1）富集各分組間豐度顯著差異的130,715個微生物基因，進而聚簇得到了126個基因數大於100的宏基因組連鎖群（metagenomic linkage group，MLG；相當於菌株）。2）發現紅肉的攝入量與造成腸道環境惡化的細菌正相關，而水果、蔬菜的攝取量與其則負相關，這從腸道微生物的角度解釋了紅肉、蔬菜及水果的攝入與結直腸癌的相關性。

圖4. 腺瘤病和結直腸癌樣本間的基因標記

參考文獻
[1] Le Chatelier E, Nielsen T, Qin J, et al . Richness of human gutmicrobiome correlates with metabolic markers. Nature. 2013, 500(7464), 541-546.
[2] Oh J, Byrd AL, Deming C, et al . Biogeography and individuality shape function in the human skin metagenome. Nature. 2014, 514(7520), 59-64.
[3] Karlsson FH, Tremaroli V, Nookaew I, et al . Gut metagenome in European women with normal, impaired and diabetic glucose control. Nature. 2013, 498(7452), 99-103.
[4] Feng Q, Liang SS, Jia HJ, et al . Gut microbiome development along the colorectal adenoma-carcinoma sequence. Nat Commun. 2015, 6,1-13.