31 2020．03

PubReMiner 分析 PubMed 檢索資料

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生物醫學研究最常使用的資料庫莫過於 PubMed 文獻搜尋，但由於 PubMed 資料庫越來越龐大，如何在茫茫大海中正確找到自己需要的內容便顯著相當重要，因此如何對檢索結果進行篩選，例如篩選可投稿期刊、查詢領域內專家的論文與研究方向、各國家發表論文的分佈等是科學家們所關注的重點。

PubReMiner 是由荷蘭學者 Jan Koster 開發的文獻分析工具，可幫助分析檢所得到的文章中，主要發表於哪些期刊、有哪些作者為領域內文章最多的專家、常用關鍵字、多歸類於哪些 MeSH、發表年份趨勢及國家等，並且可透過增加或刪除檢索詞、作者、期刊、國家等做進一步篩選。

例如我們以 Gut microbiome 與 16S 作為檢索標題與摘要的關鍵詞，並限定在 2017 年～ 2020 年發表的論文。而 AbstractLimit 則視搜尋結果的筆數調整，最大可同時分析 10,000 筆結果。

(1) 第一個欄位為個年度發表的論文數，由此檢索可發現 Gut Microbiome 研究呈現爆發式增長
(2) 第二個欄位為發表期刊文章數量排序，可知特定領域發表在哪些期刊為主要，從中選擇合適的投稿期刊
(3) 第三個欄位為檢索中作者的排序，可從中找到領域內的專家列表
(4) 第四個欄位表關鍵字在結果中出現的比例高低
(5) 第五個欄位顯示結果中較常出現的 MeSH 標題排序
(6) 最後一個欄位呈現論文發表國家的文章數排序

(a) Word 欄位中字詞後多有一個星號，例如「INFECT*」表示 PubReMiner 同時檢索「infect」、「infection」、「infectious」等字詞。
(b) Word 欄位中有兩個計數「#」與「Count」分別代表不同概念。「#」代表僅檢索檢索詞的文獻數量，而「Count」則是與檢索詞相似的文獻數量。例如「infect」欄位中，「#」的數目是「96」，代表僅檢索單詞「infect」的文獻數量；而「Count」中的數目是「297」，即是不僅檢索了「infect」，還同時檢索了「infection」、「infectious」等字詞。
(c) 數字若為紅色，則顯示為不可選取。表示再進一步檢索時，勾選這些字詞並不會影響結果
(d) 每個選項後面有一個藍色的「P」，點擊可以到 PubMed 查看對應的文獻列表

從檢索結果中可進一步根據有興趣的項目進行篩選，例如想列出有台灣作者所參與發表的論文，則可勾選 TAIWAN 後，執行「Search with Manual Adjustment」，最後可檢索出 9 條文獻結果。若想查看這 9 篇文獻的題目與摘要，可點擊 Goto PubMed with query 連結到 PubMed 查看詳細列表。

圖爾思生物科技 / 微生物體研究中心

郭育倫文案

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2020．03．31