【RNAseq 3小學堂】總集篇

【RNAseq 3小學堂】總集篇

14章的RNAseq 3 小學堂，這麼多集分散各地難搜尋？ 兔編聽到你的心聲了！ 總集篇集合14集的內容，讓你方便查詢！

Ch1. 基因表現量方法比拼 RNAseq vs. Microarray
隨著基因表現微陣列 (Gene expression microarray, microarray) 與 RNA 定序 (RNA sequencing, RNA-seq) 技術的問世，幫助科學家單次實驗可分析數萬個基因表現量，究竟這兩項高通量技術有什麼差異呢？

Ch2. DESeq2/DEGseq 基因差異表現量分析
在拿到數據的那一刻，你是否眉頭深鎖，老闆問說這怎麼做出來的，卻只能乾笑而過？！ 讓小編帶你一同了解RNAseq分析內容的眉眉角角吧！

Ch3. 差異基因表現量分析_MA plot、volcano plot互動圖
在Ch2.我們初步了解進行基因差異表現量分析時，需要注意的重點，並利用DESeq2/DEGseq得到兩兩比較的差異基因列表，但若得到的差異表現基因數量不如預期，少到無法進行更多觀察，或是有爆炸多的差異基因 ，根本不知道從哪裡看起，能不能調整篩選條件？ 

Ch4. 差異基因表現量分析_任你客製的Heatmap
觀察基因表現量差異除了Ch3. 提到的MA plot和Volcano plot之外，大家最熟知的另一個圖就是 #Heatmap !
Heatmap 可以更直觀的觀察基因表現差異，但當拿到分析圖時，總會想，如果我....調整會不會更好呢？ 來來回回跟廠商溝通改圖超麻煩，真想自己來，但不會寫code怎麼辦？！

Ch5. 基因功能資料庫_KEGG、GO、DO
3分鐘速解RNAseq分析，本章介紹基因功能資料庫 

Ch6. 基因富集分析_KEGG、GO、DO
具有研究熱忱又認真的你開始整理所有找到的差異基因註釋，看看這些基因都是跟那些功能相關以及可能參與生化途徑，終於完成了精美的統計表格，老闆微笑看著你說，改變看看DEG篩選門檻吧！或許可以找到更多(少)基因...。
你心情down到谷底，只好上網搜尋更有效率的搜尋方法，此時你搜尋到了這篇文章，你發現......

Ch7. 基因富集分析_GSEA
Ch6. 提要，在利用DEG篩選出差異基因後，為了更了解這些基因與pathway和疾病間有哪些相關，因此進行"基因富集分析"，使用的資料庫為KEGG、DO、GO。
你充滿自信的走進老闆辦公室，在老闆面前操作雲平台，調整了不同的篩選結果。你滿懷期待的看著老闆，希望在這些結果中有讓他滿意的數據，老闆再次微笑看著你說：「我曾在文獻上有看到X基因對你的研究是有相關的，但都沒出現在你的篩選結果裡，是不是要好好探討或是調整計算方式呢?」
Oh my god!!! 晴天靂霹，你可能心想，難道我要一篇一篇文獻找相關資料? 還要找其他富集的計算方法???

Ch8. 蛋白質交互作用分析_PPI
這篩選差異基因，跟蛋白質有啥關係呢? 為什麼要在RNAseq分析中提到蛋白質交互作用分析(Protein Protein Interaction, PPI) 呢?
聰明如你，腦中迅速閃過整個生物途徑，從基因到蛋白質在到代謝物，蛋白質在這之間扮演了各種代謝反應及功能的重要角色，因此..

Ch9. WGCNA: Weighted Correlation Network Analysis
做完了 DEG 和 GSEA 等兩兩組別比較的分析，你是不是想說有沒有一個分析方法可以同時看你的所有處理組別 RNA 表現的差異？
如果你有 15 個以上的樣品，那恭喜獲得 WGCNA 的分析囉~~

Ch10. WGCNA性狀關聯分析
Ch9. 介紹了 WGCNA 的基本概念，你非常有興趣並興致勃勃的準備了15 個以上的樣品，卻發現報告中 WGCNA 分析的結果比別人還少，這是怎麼一回事？ 
小編說，本篇介紹的 WGCNA 分析內容只會在有性狀資料的時候才會提供呀~如果沒辦法提供性狀的話就只能略過囉~ 

Ch11. ​Read Count 標準化方法
小編偷偷問一個問題喔~ 你知道圖爾思 RNAseq 報告有3種標準化的表格，分別是： FPKM、TPM、RLE/TMM 。
看到這，是不是被這群不知是誰的標準化方法搞混了呢？又為什麼RLE後面還有接一個TMM呢？ 
直覺的想，定序結果比對參考基因體之後，就可以知道每個基因各自被定序的數量。那究竟為什麼要標準化基因表現量呢？ 

Ch12. RNAseq 序列品質控管
相信大家都聽過 Garbage in, garbage out 這句話，要有好的分析報告首要就是要有好的數據，那在 RNAseq 分析之前會做那些分析確認序列品質，就讓小編來一一介紹囉~！

Ch13. 樣本間相關性分析
有無生物性重複在分析呈現上，除了 DEG分析 用的方法不同之外，還有什麼不同的地方呢? 

Ch14. RNAseq多的是，你不知道的事
看完了一系列的 RNAseq 3小學堂，相信你對 RNAseq 分析結果和報告內容有了進一步的認識，你是不是躍躍欲試了呢！小編在這裡整理了幾個在過去的經驗中，一些可能會被忽略的部分，強烈建議在開始實驗之前先瀏覽本篇文章喔~