28
2023.03
ICE CRISPR分析工具: 用 Sanger 數據獲得 NGS 品質的結果
ICE CRISPR分析工具: 用 Sanger 數據獲得 NGS 品質的結果
Inference of CRISPR Edits (ICE) 為 Synthego 公司所推出一免費線上分析工具,能夠對CRISPR實驗數據進行快速可靠的分析。只需上傳 Sanger 定序數據以及gRNA序列即可進行編輯效率的評估,幫助研究者檢視 CRISPR 流程中的每一階段,從 gRNA 的設計、編輯效率到單細胞的分離。 ICE 適用於多種研究,無論是生物代謝路徑的基因剔除分析還是用於建構疾病模型的 single nucleotide Polymorphism (SNP) 基因敲入。
ICE 的分析結果與基於 Next Generation Sequencing (NGS) 的分析結果有高度的密切相關(Hsiau et al., 2018)。不僅如此,ICE 也支持多種編輯,包括片段的插入或缺失 (Indels)、多片段的基因剔除、單點突變以及透過 homology-directed repair (HDR) 的基因敲入。多批次的分析也讓研究者能夠處理高通量的資料,同時間一次分析多達700個樣本。在物種方面更是沒有限制,且無須另外上傳參考基因組。無論使用者對生物資訊學理解的程度如何,都能使用這款操作簡單的分析工具。
在最新版本中的 ICE,特別加強了多嚮導編輯的分析。多嚮導編輯針對同一目標基因設計多條gRNA 的方式能夠使編輯的效率大幅的提升,但傳統基於 Sanger定序的分析工具並無法檢測如此複雜的編輯。多嚮導 gRNA 會產生複雜多種的 Indels,而 ICE 有能力分析大量的可能編輯結果進而識別確切的基因型組成。該工具也將所有在樣本中檢測到的編輯類型以視覺化的方式表現,有助於使用者了解特定編輯中涉及哪些 gRNA 以及它是如何參與的。
總的來說,Synthego ICE 分析工具能用 Sanger 定序數據生成 NGS 品質的 CRISPR 編輯分析。此外,與其他基於 Sanger 定序的軟體相比,ICE 可以分析更多類型的編輯實驗,而且速度更快、使用更方便,同時更是完全免費供所有人使用。這麼方便的工具我們邀請您一起來使用!
ICE 的分析結果與基於 Next Generation Sequencing (NGS) 的分析結果有高度的密切相關(Hsiau et al., 2018)。不僅如此,ICE 也支持多種編輯,包括片段的插入或缺失 (Indels)、多片段的基因剔除、單點突變以及透過 homology-directed repair (HDR) 的基因敲入。多批次的分析也讓研究者能夠處理高通量的資料,同時間一次分析多達700個樣本。在物種方面更是沒有限制,且無須另外上傳參考基因組。無論使用者對生物資訊學理解的程度如何,都能使用這款操作簡單的分析工具。
在最新版本中的 ICE,特別加強了多嚮導編輯的分析。多嚮導編輯針對同一目標基因設計多條gRNA 的方式能夠使編輯的效率大幅的提升,但傳統基於 Sanger定序的分析工具並無法檢測如此複雜的編輯。多嚮導 gRNA 會產生複雜多種的 Indels,而 ICE 有能力分析大量的可能編輯結果進而識別確切的基因型組成。該工具也將所有在樣本中檢測到的編輯類型以視覺化的方式表現,有助於使用者了解特定編輯中涉及哪些 gRNA 以及它是如何參與的。
總的來說,Synthego ICE 分析工具能用 Sanger 定序數據生成 NGS 品質的 CRISPR 編輯分析。此外,與其他基於 Sanger 定序的軟體相比,ICE 可以分析更多類型的編輯實驗,而且速度更快、使用更方便,同時更是完全免費供所有人使用。這麼方便的工具我們邀請您一起來使用!