Single Cell Gene Expression Flex 實例數據分享
Single Cell Gene Expression Flex 服務在 2022年在正式推出之後 (原名稱為Single Cell Fixed RNA Profiling Kit)，圖爾思很快就與客戶合作完成了第一個項目，在一次上機集合六個人類樣品，總回收細胞數超過了 128,000 顆，平均每個樣品都能分析超過 21,000顆的細胞，大大提高了單次實驗細胞數量，也降低每顆細胞的平均費用，因此持續收到許多客戶的關注與詢問，而 Single Cell Gene Expression Flex 除了提升分析細胞數之外，還有哪些優勢？我們彙整了10x Genomics 官方技術文件，透過以下的實例數據來告訴你！
Single Cell Gene Expression Flex 在細胞上機前，需要利用Fixation buffer (主成份為4% Formaldehyde) 依照建議的流程固定細胞並鎖定RNA的表現狀態，後續再與偵測基因表現的探針組合反應，透過高通量的Chromium X 平台將細胞包裹並區分，建庫定序上機後，就可以分析細胞數據。
Figure 1. Single Cell Gene Expression Flex 實驗流程 (10x Genomics)
固定後的細胞可以選擇繼續操作上機，或是在 -80℃ 保存一到三個月，由於細胞經過固定，在建議的冷凍保存期間內，樣品的細胞組成並不會因此改變 (如下圖)，提供先驗證再挑選上機樣品的彈性，多個時間點或是採集地點的樣品也能集中處理，降低批次效應帶來的影響，不再受到以往因為需要活細胞必須盡快上機的時間限制。
Figure 2 人類PBMC 樣品經過固定後立即建庫，或是分別保存不同長度的時間後上機分析，
驗證固定後再冷凍保存對於細胞組成並不會有明顯影響 (10x Genomics)，可以觀察到各個主要的細胞類型組成比例皆穩定。
Figure 3 Probe可以專一性辨認基因序列，成對的Probe由左右兩邊 (LHS/ RHS) 組成，
Probe barcode最高有16種組合，可以用來區分樣品。 (10x Genomics)
Figure 4 比較不同試劑對於數個轉錄因子在多顆細胞所偵測到的表現量 (10x Genomics)
在不同人類癌症組織來源的樣品，也都能觀察到 Single Cell Gene Expression Flex 明顯有比較高的靈敏度，在同樣的資料量下可以偵測到較多的基因數。
Single Cell Gene Expression Flex 內建區分樣品的Barcode序列，為了驗證區分樣品是否會造成批次效應影響細胞分群結果，也分別測試了人類及小鼠的細胞樣品，固定後的細胞平均分配，每一份使用不同的barcode組合的Probe，最終再將樣品合併後上機，
依據Barcode將全數樣品分開檢視，各樣品間也呈現一致的細胞類型分群的結果，沒有觀察到明顯的批次效應。
Figure 6 人類PBMC固定後分為16等份，使用各自的探針組合標記細胞後集中上機 (10x Genomics)
Figure 7 小鼠脾臟細胞固定後分為16等份，使用各自的探針組合標記細胞後集中上機 (10x Genomics)
看了這麼多實際的數據，是否讓你迫不及待想開始規劃實驗跟經費來大展身手了呢? 只要你有足夠數量的細胞 (每個Plex 建議起始細胞數 > 2x10^6 ，存活率 >85% )，並且是人類或是小鼠樣品，都可以考慮選擇更為經濟的Single Cell Gene Expression Flex 實驗方案，
搭配預先固定細胞的實驗流程， 解決以往活細胞樣品儲存、多批次樣品收集處理的問題，也讓先前難以實現的收樣規劃有得以實驗的可能，擴展技術應用的範圍，為單細胞RNA定序技術的未來創造更多的可能性。
如果不是人類及小鼠的樣品，或是其他的需求，我們也整理出目前Single Cell Gene Expression相關的應用技術，希望能幫助用戶挑選出最適合自己的服務品項。
