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2021．11
【RNAseq 3小學堂】蛋白質交互作用分析_PPI
原創文章 引用請註明出處
#RNAseq #PPI #雲平台 #3小學堂
|| 3分鐘速解RNAseq分析，本周介紹PPI分析 ||
這篩選差異基因，跟蛋白質有啥關係呢? 為什麼要在RNAseq分析中提到蛋白質交互作用分析(Protein Protein Interaction, PPI) 呢?
聰明如你，腦中迅速閃過整個生物途徑，從基因到蛋白質在到代謝物，蛋白質在這之間扮演了各種代謝反應及功能的重要角色，因此...
|| 了解蛋白質間交互作用，有助於對基因表現差異或疾病的了解 ||
要看蛋白質間交互作用，當然要篩選有意義的差異基因來進行分析，還記得先前提過的DEG分析嗎? 圖爾思雲平台將DEG分析的結果匯入至PPI分析內，想調整篩選條件，可以回顧"差異基因表現量分析篇" 。
STRING資料庫，相信是做蛋白質交互作用分析都會用到的資料庫，在資料庫持續更新的狀況下...
|| 雲平台也會跟著資料庫持續更新，基因資訊直接連結至STRING資料庫 ||
STRING資料庫提供的資訊內容如下圖
STRING分析結果以網路圖呈現
在看圖之前，你可以在雲平台調整以下幾個功能
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STRING資料庫版本 (v.10 或 v.11)
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呈現的TOP X 差異基因數
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TOP X的篩選條件 (eg. Fold change值、顯著差異值...等)
網路圖提供了互動與靜態兩種呈現方式
互動圖能夠拉動基因點的位置，還可以選擇要特別關注的基因，同時還能得到該基因與其他互動基因的資訊表，詳見下圖解說。
互動圖的標題 STRINGDB Link 可以直接連結對應資料庫結果，想要更加利用 STRINGDB 對於各項基因與彼此連結的資訊，建議可以直接使用官網的 Network 資訊，部份基因包含 PDB 蛋白質結構與相關資料庫連結。
＊關於Combined score的補充：網路圖上連線粗細為基因間的 combined score ，STRING 資料庫中，基因間的連結分數都是固定的，在雲平台上，你可以自由調控combined score門檻低於多少則視為基因彼此無連結，預設 400 (0.4) 為一般信心水準下的門檻。
用雲平台做PPI分析就是這麼簡單~
下集，讓WGCNA分析解決總是只能兩兩組別分析的困擾!! 多個時間點、多種組織、多種實驗條件想同時分析卻找不找合適的分析方法? 就讓小編下集帯你揭開WGCNA的面紗吧!
圖爾思生物科技/微生物體研究中心
沈筱凌/顏維萱
沈筱凌/顏維萱
