微生物分析系列報導: 厚壁菌門/擬桿菌門比例箱形圖(F/B ratio box plot)
最近的研究更發現厚壁菌門和擬桿菌門的比例(Firmicutes / Bacteroidetes ratio, 簡稱F/B ratio)和數種疾病有潛在的關聯性,或許可做為某些疾病診斷的初步依據。近來探討這兩種菌門比例的研究領域涵蓋範圍很廣,包括代謝疾病、高血壓、心理疾病、健康習慣、老化…等。F/B ratio除了反映疾病之外,也會因受試者年齡以及生活習慣的影響而變化,是相當敏感的一項量化指標。許多文獻中,F/B ratio通常是以直方圖或箱形圖來呈現,以下圖[1]為例,小編帶大家瞭解一下這種箱形圖的意義。
上方的箱形圖是以不同組別做為橫軸,F/B ratio做為縱軸表示。每一個分組有五個樣本(一個資料點表示一個樣本)。直條最上方和最下方的橫線是樣本的最大值和最小值,直條的上界和下界分別代表組內樣本的25%和75%四分位數,中間的橫線則是中位數所在。圖的最上方橫跨兩個不同分組的橫線,表示兩組間的F/B ratio有明顯的統計差異,顯著程度以星號多寡表示(越多越顯著)。從這樣的圖我們可以看出不同組別的F/B ratio分布情形,以及比較不同組別間的F/B ratio差異,是不是很簡單明瞭呢?
參考文獻
[1] Ley, R. E., Bäckhed, F., Turnbaugh, P., Lozupone, C. A., Knight, R. D., & Gordon, J. I. (2005). Obesity alters gut microbial ecology. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 102(31), 11070–11075.
[2] Verdam, F. J., Fuentes, S., de Jonge, C., Zoetendal, E. G., Erbil, R., Greve, J. W., et al. (2013). Human intestinal microbiota composition is associated with local and systemic inflammation in obesity. Obesity, 21(12), E607–E615.
[3] Wong, M.-L., Inserra, A., Lewis, M. D., Mastronardi, C. A., Leong, L., Choo, J., et al. (2016). Inflammasome signaling affects anxiety- and depressive-like behavior and gut microbiome composition. Molecular Psychiatry, 21(6), 797–805.
[4] Santisteban, M. M., Qi, Y., Zubcevic, J., Kim, S., Yang, T., Shenoy, V., et al. (2017). Hypertension-Linked Pathophysiological Alterations in the GutNovelty and Significance. Circulation Research, 120(2), 312–323.
[5] Nelson, J., Adnan, S., Ajami, N., Petrosino, J., Bryan, R., & Durgan, D. (2017). Alterations in the gut microbiota can elicit hypertension in rats. The FASEB Journal, 31(1 Supplement), 1012.13–1012.13.
[6] Munukka, E., Wiklund, P., Pekkala, S., Völgyi, E., Xu, L., Cheng, S., Lyytikäinen, A., Marjomäki, V., Alen, M., Vaahtovuo, J., Keinänen-Kiukaanniemi, S. and Cheng, S. (2012), Women With and Without Metabolic Disorder Differ in Their Gut Microbiota Composition. Obesity, 20: 1082–1087
[7] http://www.huffingtonpost.com/alan-christianson/four-way-to-get-firm-and-_b_6344320.html
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